Дисертації з теми "Domain message"

In this thesis, the concept of mobile messaging awareness has been investigated by designing and implementing a framework which is able to annotate the short text messages with context ontology for semantic reasoning inference and classification purposes. The annotated metadata of text message keywords are identified and annotated with concepts, entities and knowledge that drawn from ontology without the need of learning process and the proposed framework supports semantic reasoning based messages awareness for categorization purposes. The first stage of the research is developing the framework of facilitating mobile communication with short text annotated messages (SAMS), which facilitates annotating short text message with part of speech tags augmented with an internal and external metadata. In the SAMS framework the annotation process is carried out automatically at the time of composing a message. The obtained metadata is collected from the device’s file system and the message header information which is then accumulated with the message’s tagged keywords to form an XML file, simultaneously. The significance of annotation process is to assist the proposed framework during the search and retrieval processes to identify the tagged keywords and The Semantic Web Technologies are utilised to improve the reasoning mechanism. Later, the proposed framework is further improved “Contextual Ontology based Short Text Messages reasoning (SOIM)”. SOIM further enhances the search capabilities of SAMS by adopting short text message annotation and semantic reasoning capabilities with domain ontology as Domain ontology is modeled into set of ontological knowledge modules that capture features of contextual entities and features of particular event or situation. Fundamentally, the framework SOIM relies on the hierarchical semantic distance to compute an approximated match degree of new set of relevant keywords to their corresponding abstract class in the domain ontology. Adopting contextual ontology leverages the framework performance to enhance the text comprehension and message categorization. Fuzzy Sets and Rough Sets theory have been integrated with SOIM to improve the inference capabilities and system efficiency. Since SOIM is based on the degree of similarity to choose the matched pattern to the message, the issue of choosing the best-retrieved pattern has arisen during the stage of decision-making. Fuzzy reasoning classifier based rules that adopt the Fuzzy Set theory for decision making have been applied on top of SOIM framework in order to increase the accuracy of the classification process with clearer decision. The issue of uncertainty in the system has been addressed by utilising the Rough Sets theory, in which the irrelevant and indecisive properties which affect the framework efficiency negatively have been ignored during the matching process.

This study ethnographically explores the experiences of 30 American Mormon women who chose to give birth at home, a practice which differs from the culturally expected birth practice supported by most media birth scenes. The dominant birth practice among American Mormon women aligns with the biomedical birth system nearly universally practiced in the United States. Recent research indicates that the biomedical model is supported by most media portrayals of birth (Elson 1997b). Mormon women who had given birth at home with a midwife were located and invited to participate. A semi-structured interview guide was used to frame the research process. Verbatim transcriptions of the interviews provided the raw data for coding and analysis.

A series of highly constrained tyrosine derivatives, 2',6'-dimethyl- β-methyltyrosines (TMTs), was designed and asymmetrically synthesized. Incorporation of the TMT isomers into peptide agonists of δ opioid receptors provide analogues that are highly potent and selectively for δ opioid receptors and have revealed the stereochemical requirements for recognizing opioid δ receptors. Moreover, the combination of conformational studies and pharmacological studies of the peptide analogues provided for the first time the stereochemical requirements for specifically recognizing opioid δ receptor subtypes. The biological active conformation of a highly selective and potent δ opioid agonist, ((2S,3R)-TMT¹) DPDPE, was obtained by NMR studies and computer-assisted modeling. This conformation was then further used for designing novel non-peptide opioid ligands. Thus, this study is another achievement of topographical design of peptide hormones and neurotransmitters. Practically, the results of this study can be used to develop more biological stable pharmaceuticals as strong pain reliever without causing side effects such as physical dependence, respiratory depression, etc.

Les systèmes embarqués en temps réel, malgré leurs ressources limitées, évoluent très rapidement. Pour ces systèmes, il est impératif de garantir que les tâches ne manquent pas leurs échéances, mais aussi la bonne qualité des données transmises de tâche en tâche. Il est obligatoire de trouver des compromis entre les contraintes d'ordonnancement du système et celles appliquées aux données. Pour garantir ces propriétés, nous considérons le mécanisme sans attente. L'accès aux ressources partagées suit le principe d'un seul producteur, plusieurs lecteurs. Pour contenir toutes les particularités de communication apportées par le mécanisme de communication uORB, nous avons modélisé les interactions entre les tâches par un graphe biparti que nous avons appelé graphe de communication et qui est composé d'ensembles de messages dits de domaine. Pour améliorer la prévisibilité de la communication inter-tâches, nous étendons le modèle de Liu & Layland avec le paramètre état de communication utilisé pour contrôler les points d'écriture/lecture.Nous avons considéré deux types de contraintes de données : les contraintes locales de données et les contraintes globales de données. Pour vérifier les contraintes locales des données, nous nous appuyons sur le mécanisme de sous-échantillonnage destiné à vérifier les contraintes locales des données. En ce qui concerne les contraintes globales des données, nous avons introduit deux nouveaux mécanismes : le " dernier lecteur de marque" et le " mécanisme de défilement ou d'écrasement ". Ces 2 mécanismes sont en quelque sorte complémentaires. Le premier fonctionne au début du fuseau tandis que le second fonctionne à la fin du fuseau
Real-time embedded systems, despite their limited resources, are evolving very quickly. For such systems, it is not enough to ensure that all jobs do not miss their deadlines, it is also mandatory to ensure the good quality of the data being transmitted from tasks to tasks. Speaking of the data quality constraints, they are expressed by the maintenance of a set of properties that a data sample must exhibit to be considered as relevant. It is mandatory to find trade-offs between the system scheduling constraints and those applied to the data. To ensure such properties, we consider the wait-free mechanism. The size of each communication buffer is based on the lifetime bound method. Access to the shared resources follows the single writer, many readers. To contain all the communication particularities brought by the uORB communication mechanism we modeled the interactions between the tasks by a bipartite graph that we called communication graph which is comprised of sets of so-called domain messages. To enhance the predictability of inter-task communication, we extend Liu and Layland model with the parameter communication state used to control writing/reading points.We considered two types of data constraints: data local constraints and data global constraints. To verify the data local constraints, we rely on the sub-sampling mechanism meant to verify data local constraints. Regarding the data global constraints, we introduced two new mechanism: the last reader tags mechanism and the scroll or overwrite mechanism. These 2 mechanisms are to some extent complementary. The first one works at the beginning of the spindle while the second one works at the end of the spindle

Today, millions of purchased domain sites names are sitting unused with no real web designs or concrete purpose coupled with them. Why would not owners engage a web-hosting domain-parking hotel so they can earn money through eyeballs advertising or click revenue while their sites sits unused? Parking hotels claim access to passive domain monetization through advertising programs tailored to generate revenue via automatic web page generations containing tailored advertisement. When visitors access these web sites, revenue is generated for domain owners. This study sought to investigate if parking hotels’ advertising claim, that you can make money through them, carries substance. Hence, is it possible to generate sufficient revenue using a parking hotel’s advertising revenue model to pay for the cost of domain ownership and, if possible, generate excess revenue? The study’s epistemological approach, trying to distinguish the truth about the hotels’ claims, stems from a ontological discussion around web hosting hotels’ advertising vehicle existence and its ability to generates revenue. The study challenged a parking hotel’s claim through an inductive quantitative approach by watching advertising revenue for 59 domain names over 105 days. Quantitative data concluded, through a statistical approach, that there were insufficient advertising income, approximately a nickel, to cover the annual cost of approximately $6 USD. Therefore, the study concluded that the advertising claims were misleading and recommends that sites are not purchased, or renew, for the purpose of making money through web hotels’ advertising models.

Le contrôle de l’expression des gènes est un processus crucial pour le développement, la reproduction ou les mécanismes d’acclimatation aux stress environnementaux et met en jeu des voies de régulation post-transcriptionnelles agissant sur les ARN messagers (ARNm). Ces molécules portent des modifications chimiques dont l’une des plus abondantes est la N6-méthyladénosine ou m6A. Cette modification permet notamment d’attirer des protéines spécifiques qualifiées de « lecteurs » qui, chez les mammifères, agissent principalement pour favoriser la dégradation et/ou la traduction des ARNm. Mes travaux de thèse ont eu pour objectif de caractériser les fonctions d’un de ces lecteurs, nommé ECT2, chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Dans un premier temps, sa fonction de liaison aux ARNm méthylés ainsi que son rôle dans le développement de la plante ont été démontrés. Au niveau moléculaire, une approche de protéomique a permis d’identifier de nombreux partenaires d’ECT2 dont la majorité est impliquée dans le métabolisme des ARNm parmi lesquels des facteurs inhibiteurs de traduction. Les résultats d’une analyse de translatomique permettent de proposer un modèle où ECT2 jouerait un rôle de répresseur de la traduction d’ARNm en coopération avec ses partenaires LARP1 et DCP5, deux facteurs évolutivement conservés qui agissent dans le contrôle de la traduction des ARNm. Enfin, j’ai également découvert que la protéine ECT2 est dynamiquement modifiée via des phosphorylations en réponse à un stress thermique, ce qui semble notamment affecter sa capacité à reconnaitre les résidus m6A. Ces travaux suggèrent pour la première fois que l’activité d’un lecteur peut être régulée par des phosphorylations en réponse à des variations environnementales
Control of gene expression is a crucial process for development, reproduction or acclimation to environmental stresses and involves post-transcriptional regulatory pathways acting on messenger RNAs (mRNAs). These molecules carry chemical modifications of which N6-methyladenosine (m6A) is one of the most abundant. This modification allows notably the recruitment of specific proteins qualified as “readers” which, in mammals, mostly act to promote decay and/or translation of mRNAs. My thesis aimed to characterize the functions of one of these readers, named ECT2, in the model plant Arabidopsis thaliana. First, its binding function to methylated mRNAs and its role in plant development was demonstrated. At the molecular level, a proteomic approach identified numerous ECT2’s protein partners, mainly involved in mRNA metabolism including translation inhibition factors. Results obtained from a translatome analysis suggest a model where ECT2 could play a repressive role on the translation of methylated mRNAs cooperatively with its partners LARP1 and DCP5, two evolutionarily conserved factors acting in translational control of mRNAs. Finally, I also discovered that ECT2 is dynamically modified with phosphorylations in response to heat stress affecting especially its ability to recognize m6A residues. These works suggests for the first time that the activity of an m6A reader could be regulated by phosphorylations in response to environmental changes

Aperçu du contrôle de la dégradation des ARNm par les protéines YTHpendant la transition de la méiose à la mitose chez les levures.Le cycle cellulaire est contrôlé par des processus complexes et interconnectés. Un gène est transcrit en ARNm qui est traduit en protéines mais de nombreux processus de régulation travaillent pour contrôler chaque étape de ce processus apparemment simple. Parmi ces points de contrôle, la régulation post-transcriptionnelle est importante, et la formation d'un complexe protéine-ARN peut diriger le destin cellulaire. Parmi ces protéines de liaison à l'ARN, les protéines contenant des domaines YTH n’ont été découvertes qu’à la fin des années 90. Les protéines contenant des domaines YTH sont abondantes chez les eucaryotes et absentes chez les procaryotes. Elles constituent la majorité des protéines « readers » capables de reconnaître spécifiquement la modification m6A. L’Homme possède cinq protéines YTH, YTHDF1-3, YTHDC1,2 (Hazra, D., C. Chapat, et Graille, M. (2019). Destin de l'ARNm de m6A : enchaînés au rythme par les protéines contenant de la YTH. , 10 (1), 49.). Bien qu'il soit évident que ces protéines contrôlent le destin cellulaire, la fonction de chaque protéine et son réseau d’interaction restent à élucider. Chez les levures, une seule protéine YTH est présente: Pho92 chez Saccharomyces cerevisiae et Mmi1 chez Schizosaccharomyces pombe. Hormis le domaine YTH, il n'y a pas d'homologie de séquence entre ces deux protéines mais leur fonction cellulaire est similaire.Il est bien établi que Mmi1 est responsable de la dégradation des transcrits spécifiques de la méiose au cours de la croissance végétative des cellules chez la levure S. pombe. Mmi1 forme un complexe stable avec une petite protéine, Erh1 (complexe Erh1-Mmi1 ou EMC). Le complexe EMC peut physiquement interagir avec la sous-unité Not1 du complexe CCR4-Not et la recruter pour la dégradation des ARNm contenant des motifs DSR (déterminant de l'élimination sélective). L'action de Mmi1 est à son tour régulée par une protéine possédant un domaine RRM, Mei2. Au cours de la méiose, Mei2, avec l’aide d’un lncRNA meiRNA, séquestre Mmi1 dans un point nucléaire, le rendant inactif et assurant la continuité de la méiose. Ces trois protéines, Mmi1-Erh1-Mei2, jouent un rôle clé dans la transition de la mitose vers la méiose.Chez S. cerevisiae, Pho92 est impliquée dans la dégradation des transcrits de PHO4, contribuant à la voie du métabolisme du phosphate, pendant la privation en phosphate et participe également à la dégradation des ARNm contenant les marques épitranscriptomiques de N6-méthyladénosine (m6A). Comme pour S. pombe Mmi1, Pho92 recrute le complexe CCR4-Not via une interaction physique avec Not1.Au cours de ma thèse, j'ai tenté d'élucider le rôle de ces deux protéines du domaine YTH de deux organismes modèles, S. cerevisiae et S. pombe, dans la dégradation de l'ARNm et la régulation du cycle cellulaire par des approches biochimiques et structurales.Pho92 de S. cerevisiae interagit physiquement avec Not1 du complexe CCR4-Not, nous avons pu déterminer les limites des domaines impliqués dans cette interaction. L’interaction entre ces deux protéines a été étudiée par anisotropie de fluorescence. Le complexe protéique a été purifié avec succès et des essais de cristallisation sont en cours.Chez S. pombe, la structure de Mei2-RRM3 a été résolue avec et sans ARN. Les propriétés de liaison à l'ARN de Mei2-RRM3 ont été étudiées par ITC. La structure de Erh1 a également été résolue révélant une organisation en homodimere. Nous avons montré que la formation de cet homodimere est important pour la fonction biologique de Mmi1. Des essais de co-cristallisation ont été réalisés avec de l'ARN et les protéines Mmi1 et Mei2, mais sans succès et nous avons obtenu des cristaux de Mmi1
Insights into the control of mRNA decay by YTH proteinsduring the transition from meiosis to mitosis in yeasts.Keywords: Epitranscriptomics, mRNA decay, meiosis, multi-protein complexes, YTH domainCell cycle is controlled by multi-layered processes. A gene is transcribed in mRNA which is translated in proteins but innumerable regulation processes are working to control every step of this apparently simple process. Among these regulatory check points, post-transcriptional regulation is an important one, where formation of a protein-RNA complex may direct the cellular fate. Among these RNA binding proteins, YTH domain proteins are most novel, discovered in late 90s. YTH domain proteins are abundant in eukaryotes and absent in prokaryotes. YTH domain proteins constitute the majority of reader proteins that can specifically identify m6A modification. Human beings have five YTH domain proteins YTHDF1-3, YTHDC1-2 (Hazra, D., Chapat, C., & Graille, M. (2019). m6A mRNA Destiny: Chained to the rhYTHm by the YTH-Containing Proteins. Genes, 10(1), 49.). Although it is evident that these proteins are controlling cellular fate, the function of each protein and their network is yet to be elucidated. In yeast, there is only one YTH domain protein present: Pho92 in Saccharomyces cerevisiae and Mmi1 in Schizosaccharomyces pombe. Apart from the YTH domain there is no sequence homology between these two proteins but their cellular function is similar.It is well established that Mmi1 is responsible for degradation of meiosis specific transcripts during vegetative growth of the cell. Mmi1 forms a tight complex with a small protein, Erh1 (Erh1-Mmi1 complex or EMC). EMC can physically interact with Not1 of CCR4-Not complex and recruit it for degradation of DSR (determinant of selective removal) containing RNAs. The action of Mmi1 is in turn regulated by an RRM domain protein, Mei2. During meiosis, Mei2, along with a lncRNA meiRNA sequesters Mmi1 in a nuclear dot, rendering it inactive and ensuring smooth continuance of meiosis. These three proteins, Mmi1-Erh1-Mei2 play a key role in mitosis to meiosis switch.In S. cerevisiae, Pho92 is involved in the degradation of PHO4 transcripts contributing to phosphate metabolism pathway, during phosphate starvation and also participates in the degradation of mRNAs containing the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptomics marks. Similarly, to S. pombe Mmi1, Pho92 recruits CCR4-Not complex by physical interaction with Not1.During my PhD, I have tried to elucidate the role of these two YTH domain proteins from two model organisms, S. cerevisiae and S. pombe, in mRNA degradation and cell cycle regulation using biochemical and structural approaches.Pho92 of S. cerevisiae physically interacts with Not1 of CCR4-Not complex, we were able to determine the boundaries of this interaction. The interaction between these two proteins was studied by Fluorescence anisotropy. The protein complex was successfully purified and crystallization trials are ongoing.From S. pombe, structure of Mei2-RRM3 was solved with and without an RNA. RNA binding properties of Mei2-RRM3 was studied by ITC. The structure of Erh1 was also solved and we tried to elucidate its importance for biological function of Mmi1. A co-crystallization trial was performed with Mmi1-Mei2-RNA but it was unsuccessful and we ended up with Mmi1 crystals

Au cours de cette thèse, j’ai entrepris différents projets ayant pour objectif une meilleure compréhension des mécanismes de dégradation des ARNm eucaryotes ches Saccharomyces cereviseae. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à la régulation de la déadénylation qui représente l’étape limitante des deux voies majeures de dégradation. Nous avons construit un outil permettant de cibler des protéines sur des ARNm rapporteurs. Grâce à ce système, nous avons pu démontrer que le recrutement du complexe Pop/Crr4 était suffisant pour induire une dégradation du messager ciblé. L’activation est spécifique du complexe de déadénylation puisque le ciblage d’autres facteurs protéiques n’affecte pas la demi-vie de l’ARNm. L’analyse fine de la dégradation du messager nous a permis d’identifier de nouveaux intermédiaires de dégradation générés par une digestion 3’-5’ de l’ARNm. De façon intéressante, l’apparition de ces intermédiaires n’est pas le résultat de l’activité de l’exosome mais de la déadénylase Pop2/Ccr4 elle-même. En parallèle de ce projet, nous avons également étudié le mécanisme de NMD (Nonsense-Mediated- Decay) in vivo et nous avons plus particulièrement recherché de nouvelles protéines pouvant être impliquées dans ce processus. Nous avons utilisé différents outils analytiques tels que la purification TAP (Tandem Affinity Purification) permettant d’identifier des complexes protéiques ou encore le système de ciblage de facteurs sur desARNm que nous avons validé par les résultats obtenus avec la déadénylase. Nous avons finalement entrepris un projet de reconstitution des mécanismes de dégradation in vitro. Nous avons en premier lieu mis au point un extrait cellulaire de levure capable de traduire des ARNm exogènes en raison des liens qui existent entre traduction et dégradation. Nous avons également construit différentes séries de plasmides permettant de transcrire in vitro des ARNm rapporteurs afin d’étudier différentes voies de dégradation.

Après avoir inventorié les facteurs inducteurs de la sédimentation, l'étude a porté sur la dynamique des milieux estuariens, deltaïques et lagunaires qui constituent le domaine margino-littoral du Bénin, en zone tropicale humide. On peut distinguer, à diverses échelles, des facteurs qui produisent la sédimentation normale et continue ou bruit de fond et ceux qui sont à l'origine des ruptures d'équilibre engendrant des discontinuités majeures enregistrées par les environnements sédimentaires et paléobiologiques sous forme de messages. Ceux-ci sont, ensuite, étudiés dans des sondages atteignant 214 m, où les marqueurs biostratigraphiques indiquent un âge éocène moyen pour les faciès les plus profonds. L’analyse des séquences a, notamment, permis de retracer les fluctuations marines dans le milieu et de localiser précisément, dans le temps, la discordance dite oligocène, connue dans la plupart des bassins sédimentaires côtiers ouest-africains.

Big Data workflows are composed of multiple orchestration steps that perform different data analytics tasks. These tasks process heterogeneous data using various computing and storage resources. Due to the diversity of application domains, involved technologies, and complexity of data sets, the design and implementation of Big Data workflows require the collaboration of domain experts and technical experts. However, existing tools are too technical and cannot easily allow domain experts to participate in the process of defining and executing Big Data workflows. Moreover, the majority of existing tools are designed for specific applications such as bioinformatics, computational chemistry, and genomics. They are also based on specific technology stacks that do not provide flexible means of code reuse and maintenance. This thesis presents the design and implementation of a Big Data workflow solution based on the use of a domain-specific language (DSL) for hiding complex technical details, enabling domain experts to participate in the process definition of workflows. The workflow solution uses a combination of software container technologies and message-oriented middleware (MOM) to enable highly scalable workflow execution. The applicability of the solution is demonstrated by implementing a prototype based on a real-world data workflow. As per performed evaluations, the proposed workflow solution was evaluated to provide efficient workflow definition and scalable execution. Furthermore, the results of a set of experiments were presented, comparing the performance of the proposed approach with Argo Workflows, one of the most promising tools in the area of Big Data workflows.
Big Data-arbetsflöden består av flera orkestreringssteg som utför olika dataanalysuppgifter. Dessa uppgifter bearbetar heterogena data med hjälp av olika databehandlings- och lagringsresurser. På grund av stora variationen av tillämpningsområden, den involverade tekniken, och komplexiteten hos datamängderna, kräver utformning och implementering av Big Data-arbetsflöden samarbete mellan domänexperter och tekniska experter. Befintliga verktyg är dock för tekniska och vilket försvårar för domänexperter att delta i processen att definiera och genomföra Big Data-arbetsflöden. Dessutom är majoriteten av befintliga verktyg utformade för specifika tillämpningar, som bioinformatik, beräkningskemi och genomik. Verktygen är också baserade på specifika teknikstackar som inte erbjuder flexibla metoder för att kunna underhålla och återanvända kod. Denna avhandling ämnar att presentera design och implementering av en Big Data-arbetsflödeslösning som utnyttjar ett domänspecifikt språk (DSL) för att dölja komplexa tekniska detaljer, vilket gör det möjligt för domänexperter att delta i processdefinitionen av arbetsflöden. Arbetsflödeslösningen använder en kombination av mjukvaruutrustningsteknik och meddelande-orienterad mellanvara (MOM) för att möjliggöra en mer skalbar körning av arbetsflöden. Tillämpningslösningen demonstreras genom att implementera en prototyp baserad på ett verkligt dataflöde. Efter en granskning av de genomförda testerna modifierades den föreslagna arbetsflödeslösningen för att uppnå en effektiv arbetsflödesdefinition och skalbar körning. Dessutom presenteras resultaten av en uppsättning experiment där man jämför skalbarheten för det föreslagna tillvägagångssättet med Argo Workflows, ett av de mest lovande verktygen inom Big Data-arbetsflöden

Chez les eucaryotes, les differents evenements determinant les voies de differenciation cellulaire sont controles par plusieurs niveaux de regulation de l'expression genique. Chez drosophila melanogaster, le traitement post-transcriptionnel de nombreux arnm specifiques joue un role fonctionnel au cours du developpement. Un grand nombre de facteurs reconnaissant des sequences arn et impliques dans diverses etapes du metabolisme des transcrits, possede un motif conserve au cours de l'evolution appele rrm (pour rna recognition motif). Afin d'identifier de nouveaux facteurs appartenant a la famille des proteines a rrm susceptibles d'intervenir dans differents aspects du developpement de la drosophile, nous avons opte pour un crible moleculaire base sur la technique de pcr. Cette approche a permis d'isoler trois nouveaux genes appartenant a la famille des genes rox pour rrm encoding box: rox2, rox8 et rox21. Le gene rox8 code pour deux transcrits generes par un mecanisme de polyadenylation alternative et exprimes differentiellement au cours du developpement. Cependant l'expression de la proteine unique correspondante, est quantitativement non regulee au cours du developpement. L'abondance de cette proteine homologue aux nucleolysines humaines tia-1 et tia-1r, dans le cytoplasme de toutes les cellules de drosophile, l'affinite qu'elle presente in vitro pour des sequences poly(ra), ainsi que la conservation entre chacun de ses trois motifs rrm et ceux des proteines de levure pub1/ngr1 suggerent que rox8 correspondrait a un facteur evolutivement conserve, participant a la prise en charge des messagers polyadenyles dans le cytosol. De plus la proteine rox21, exprimee tout au long du developpement, est structurellement apparentee a une famille de facteurs d'epissage du type sr. Dans des lignees transgeniques, cette proteine fusionnee a la b-galactosidase est strictement nucleaire et plus precisement associee aux chromosomes polytenes au niveau de certains sites actifs de transcription. Le gene rox21 semble donc coder pour un facteur intervenant dans la regulation de l'epissage de premessagers chez la drosophile. Cette etude a permis d'isoler trois nouveaux genes de drosophile evolutivement conserves et d'amorcer l'analyse fonctionnelle de leur participation dans le metabolisme des arnm

Les voies de transduction du signal mettent en jeu l'action coordonnees de plusieurs proteines caracterisees par la presence de domaines sh2 et sh3 (src homology domains), lesquels donnent lieu a des interactions proteine-proteine avec leurs effecteurs. L'une de ces proteines est g3bp, une proteine possedant les motifs rnp1 et rnp2 caracteristiques des proteines reconnaissant l'arn, qui interagit specifiquement avec le domaine sh3 de gap. Nos travaux montrent que g3bp est une endonuclease dont l'activite est regulee par les signaux membranaires. G3bp est exclusivement phosphorylee sur des residus serine. Nous montrons que rasgap joue le role de mediateur dans la regulation du niveau de phosphorylation de g3bp. En interagissant avec g3bp, gap recrute cette proteine au niveau de la membrane et favorise ainsi sa dephosphorylation. De meme, la transformation des cellules par l'oncogene ras s'accompagne d'une dephosphorylation de g3bp. A l'inverse g3bp est hyper-phosphorylee dans les cellules quiescentes. G3bp, purifiee a partir de cellules ou surexprimee dans le systeme baculovirus, s'est averee etre une endonuclease dont l'activite est modulable par phosphorylation. La methode du selex nous a permis d'identifier une sequence pour laquelle g3bp a une forte affinite. La recherche d'homologie de sequence dans plusieurs banques de donnees a revele que cette sequence est exclusivement presente au niveau de trois arn messagers : il s'agit du recepteur au ngf, de lyn une tyrosine kinase qui emprunte la voie ras et la radixine une proteine membre de la famille erm qui lie la membrane plasmique aux fibres d'actine.

Error messages in compilers is a topic that is often overlooked. The quality of the messages can have a big impact on development time and ease oflearning. Another method used to speed up development is to build a domainspecific language (DSL). This thesis migrates an existing framework to use TypeScript in order to speed up development time with compile-time error handling. Alternative methods for implementing a DSL are evaluated based onhow they affect the ability to generate good error messages. This is done usinga proposed list of six usability heuristics for error messages. They are also usedto perform heuristic evaluation on the error messages in the TypeScript compiler. This showed that it struggled with syntax errors but had semantic errormessages with low amount of usability problems. Finally, a method for implementing a DSL and presenting its error messages is suggested. The evaluationof said method showed promise despite the existence of usability problems.
Felmeddelanden i kompilatorer är ett ämne som ofta förbises. Kvaliténpå felmeddelanden kan ha stor påverkan på utvecklingstid och lätthetatt lära. En annan metod för att sänka utvecklingstid är att bygga ettdomänspecifikt programmeringspråk. Detta examensarbete migrerar ettexisterande ramverk till TypeScript för att snabba på utvecklingstidmed felhantering i kompileringsstadiet. Alternativa metoder för attimplementera ett DSL evalueras baserat på hur de påverkar möjlighetenatt generera bra felmeddelanden. Detta görs med en föreslagen lista avsex heuristiker för felmeddelanden. De används också för att utföra enheuristik utvärdering på felmeddelandena i TypeScriptkompilatorn. Detta visade att den har svårt för syntaxfel men hademeddelanden för semantiska fel med låg mängdanvändbarhetsproblem. Till sist föreslås en metod för att implementeraett DSL och presentera dess felmeddelanden. Evalueringen av den nämndametoden visade lovande resultat trots förekomsten av användbarhetsproblem.

L'adn complementaire correspondant a la sous-unite de cs, la proteine c stimulant l'adenylate cyclase, a ete transcrit et traduit in vitro. Gs ainsi synthetisee est capable de reconstituer fonctionnellement des membranes de s49 cyc- qui n'expriment cette proteine. Ce modele de reconstitution in vitro nous a permis de caracteriser divers domaines fonctionnels de gs. La deletion des 28 premiers amino-acides de gs donne naissance a une proteine qui n'est capable d'interagir avec des sous-unites purifiees. Comme dans le cas des autres sous-unites g, le domaine n-terminal de gs est donc responsable de l'interaction avec les sous-unites. La proteolyse menagee par la protease v8 nous a permis de determiner que le domaine c-terminal de gs est essentiel pour l'association membranaire de la forme activee. La construction de proteines de fusion chimeriques nous a permis de caracteriser une sequence amino-acidique carboxyterminale (367-376) qui entraine l'association membranaire d'une g proteine soluble

La selection des sites 5' et 3' est une etape decisive dans l'epissage des arn pre-messagers. Bon nombre de facteurs impliques dans cette selection sont des proteines constituees d'un domaine de liaison a l'arn (domaine rrm) et d'un domaine riche en residu arginine et serine (domaine rs). Ce sont des proteines phosphorylees sur les residus serine. Apres avoir note qu'au moins un de ces facteurs subit un cycle de phosphorylation-dephosphorylation au cours de l'assemblage du spliceosome et de l'epissage, nous avons etudie le role de certains d'entre eux et des proteines de la snrnp u1 dans la selection du site d'epissage 5'. Nous concluons que la phosphorylation de la proteine u1-70k est critique pour la participation de la snrnp u1 a une etape pre-catalytique de la reaction d'epissage. Cette phosphorylation diminue aussi l'interaction de la snrnp u1 pour le site d'epissage 5'. La proteine u1-c interagit directement sur le site d'epissage 5'. L'extremite 5' du snrna u1 n'est pas requise dans la reconnaissance du site d'epissage mais est necessaire pour stabiliser l'interaction par appariement de bases. Nous avons cherche une kinase capable de phosphoryler de facon specifique le domaine rs des proteines sr. Nous avons decouvert que la dna topoisomerase i, en plus de son activite de relaxation des surtentions de l'adn, possede cette activite proteine kinase

La protéine SI est essentielle à la machinerie traductionnelle chez les bactéries Gram-négatives, les cyanobactéries et chez certains chloroplastes. Son activité consiste principalement à faciliter la reconnaissance par le ribosome d'ARN messagers ne possédant pas une région Shine-Dalgarno canonique. Par ailleurs, SI est détournée par des agents pathogènes dans le cas d'infection de certains phages. Il a notamment été montré que SI augmente in vitro d'un facteur 100 l'activité hautement spécifique de l'endoribonucléase RegB du phage T4. RegB est impliquée dans l'inactivation des ARNm de la phase précoce du cycle de vie du phage : elle clive spécifiquement les ARNm au niveau de la région Shine Dalgarno. Le couple RegB/Sl constitue ainsi pour le laboratoire un système modèle du contrôle de la durée de vie des ARN messagers. Dans le cadre de ce travail de thèse, nous avons, dans un premier temps, déterminé par RMN les structures des domaines 4 et 6 de la protéine SI. Dans un deuxième temps, nous avons déterminé une sous-classification des domaines SI. Finalement, nous avons réalisé une série d'expériences RMN destinées à caractériser le complexe ternaire RegB/Sl/ARNm
The ribosomal protein S1 is essential to the initiation of translation in gram-negative bacteria. S1 is also used, at their own profit, by several bacteriophages. In particular, it accelerates the reaction rate of the phage T4 ribonuclease RegB, which specifically inactivates some of the phage early messenger RNAs by cleaving them in the middle of the GGAG sequence found in their translation initiation region. We are interested in analyzing the way S1 accelerates RegB reaction. The laboratory already identified the region of S1, formed of three conserved domains, responsible for RegB acceleration. It also showed the lifetimes of RNA-S1 and RNA-RegB complexes are short and characterized their interaction surfaces. No complex between RegB and SI could be identified. In these conditions, we wondered whether the acceleration of RegB by SI is due to the formation of a ternary complex or whether it involves a catalytic action of SI on the RNAs. To answer this question, first we solved, by NMR, The structure of two S1 domains, the 6th and 4th. We choose the domain 4 for the central position in the RegB activating domain, and the 6th domain to create a relative close model for the other domains. Second, we created a new classification of S1 domains by bioinformatics analyses. Finally we start to study the interactions between RegB, SI and some oligoribonucleotides. By simply comparing 1H-15N HSQC and HNCO experiments recorded on RegB/RNA, Sl/RNA, RegB/Sl and RegB/Sl/RNA mixes, we characterize the formation of a ternary complex

Les alphavirus comme le virus Chikungunya et le virus de l'encéphalite équine vénézuélienne sont des arbovirus (ré)-émergents. Ils possèdent un mécanisme de coiffe de l’ARNm non conventionnel catalysé par nsP1 et nsP2 pour former une structure cap-0 (m7GpppN-) qui est cruciale pour la réplication. Le coiffage constitue une cible antivirale attractive. NsP1 catalyse trois activités: méthyltransférase, guanylylation de nsP1 (GT), et transfert sur l’ARNm. Nous avons développé un test pour cribler la chimiothèque de composés de Prestwick Chemical® contre l’activité GT de nsP1. 18 composés sont ressortis de ce crible et trois séries de composés ont été sélectionnées pour une caractérisation plus poussée. Ces composés inhibent peu une MTase cellulaire suggérant leur spécificité vis-à-vis de nsP1. Des analyses de relations structure/activité (SAR) ont également été initiées pour identifier les pharmacophores actifs. Ce travail montre que notre test permet de sélectionner des composés spécifiques ciblant le coiffage de l’ARNm des alphavirus. NsP3 consiste en un Macro domaine, un domaine de liaison au zinc et une région hypervariable. Le Macro domaine est essentiel à la réplication virale en fixant l’ADP-ribose (ADPr) et en dé-ribosylatant des protéines cellulaires. Nous avons effectué une étude structurale et fonctionnelle du Macro domaine du virus Getah (GETV) dont la séquence de la boucle catalytique présente des particularités. Cette étude a permis de caractériser plusieurs poses adoptées par l’ADPr dans le site actif. Ces poses peuvent représenter plusieurs instantanés du mécanisme de l’ADP-ribosylhydrolase, et mettent en lumière de nouveaux résidus à caractériser
Alphaviruses such as Chikungunya virus and Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) are (re-)emerging arboviruses. They own an unconventional mRNA capping catalysed by nsP1 and nsP2 leading to the formation of a cap-0 structure (m7GpppN-), which is crucial for virus replication and constitutes an attractive antiviral target. NsP1 catalyses three activities: methyltransferase (MTase), guanylylation (GT) and guanylyltransferase (GTase). A high throughput ELISA was developed to monitor the GT reaction and screen the Prestwick Chemical library®. The IC50 was determined for 18 selected hit compounds. Three series of compounds were selected for further characterization. These compounds poorly inhibit a cellular MTase suggesting their specificity against nsP1. Analogue search and structural activity relationships (SAR) were also initiated to identify the active pharmacophore features. The results show that our strategy is a convenient way to select specific hit compounds targeting the mRNA capping of alphaviruses. NsP3 consists in a Macro domain at the N-terminal, a zinc binding domain and a C-terminal hypervariable region. The Macro domain is essential for the replication through ADP-ribose (ADPr) binding and de-ribosylation of cellular proteins. In order to better understand this mechanism, we initiated a structure-based study of Getah virus (GETV) Macro domain, which contains a peculiar substitution in the catalytic loop. By crystallographic studies we characterized several poses adopted by ADPr in the binding site. Together, these poses may represent several snapshots of the ADP-ribosylhydrolase mechanism, highlighting new residues to be further characterised

Chez les eucaryotes, la maturation de l’extrémité 3’ des ARNs messagers a lieu lors de la transcription et regroupe deux étapes : le clivage endonucléolytique du transcrit au niveau d’un site spécifique et l’ajout d’une queue poly(A) sur le fragment en amont du site de clivage. Chez S. cerevisiae, le complexe de polyadénylation est formé par 20 protéines, regroupées principalement en deux sous-complexes : CF IA et CPF. Nous nous intéressons plus spécifiquement à Pcf11, sous-unité du complexe CF IA. Pcf11 est formé de sept sous-domaines, mais la fonction d’une grande partie de la protéine n’est pour l’instant pas connue. Par exemple, aucune fonction n’est associée à la région située entre le domaine d’interaction avec le CTD de l’ARN polymérase II (CID) et une répétion de 20 résidus glutamines. Récemment, la structure de ce domaine, appelé 2nd NTD a été décrite. Pour essayer de comprendre la fonction du 2nd NTD et des motifs liant le zinc encadrant le domaine d’interaction avec Clp1, nous avons mis en place une stratégie systématique de mutagénèse, soit par délétions, soit par mutations ponctuelles. Le 2nd NTD est formé de trois hélices α et interagit avec l’ARN. La délétion de ce domaine conduit à un phénotype de croissance lente chez la levure et un défaut de terminaison de transcription des snoRNAs. Malgré une similarité de structure et de fonction, le 2nd NTD présenterait une fonction indépendante. La fonction des motifs liant le zinc n’est pour l’instant pas connue. Cependant, la mutation de l’un de ces deux motifs conduit à un défaut de clivage et de polyadénylation in vitro. La mutation des deux motifs est létale chez la levure
In eukaryotes, poly (A) tails are added to nuclear pre-mRNA 3'-ends in the two steps of cleavage and polyadenylation. This co-transcriptional processing requires the activity of a large protein complex comprising at least 20 different polypeptides in yeast organized primarily into the two factors CF IA and CPF. We are interested in the functional characterization of Pcf11, a CF IA subunit. The Pcf11 protein is organized into seven different domains, but here is still a large portion of the polypeptide that has not yet been characterized. For example the region from the end of the CTD interaction domain (CID) to an uninterrupted stretch of 20 glutamine residues has no known function. Recently, the structure of this region, called the 2nd NTD have been characterized. To gain insight into the function of the 2nd NTD and the two zinc fingers motif surrounding the Clp1 interaction domain, we have employed a systematic strategy of mutagenesis, either by deletion or via point mutations. The 2nd NTD is a folded domain composed of three α-helices. The deletion of this domain induced a severe defect of growth in yeast and impaired transcription termination of snoRNAs. Despite its similarity in structure and function with the CID, the 2nd NTD seems to act like an independent RNA binding domain. We don’t know yet the real function of the two zinc fingers motif at the C-terminal region of Pcf11, but the mutation of Cystein residues into serine of one of the two motifs impaired cleavage and polyadenylation. The mutation of the first motif is less harmful than the mutation of the second motif. The simultaneous mutation is lethal in yeast

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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Compiler error messages should allow programmers to understand and solve quickly problems found during the compilation process. However, compilers usually issue short contextless messages with little information and with terms that are difficult to understand. This work introduces the plug-in Error Message System (EMS) that allows the presentation of easy-to-understand and more meaningful error messages. EMS is a plug-in to the Eclipse IDE. It is highly configurable through Domain Specific Languages (DSLs). The DSLs allow that regular users build their own error messages and share them. Beginner programmers can use a set of error messages adapted to them thus reducing the time of understanding and correction of compilation errors.
As mensagens de erro dos compiladores devem permitir que os programadores compreendam e solucionem os problemas encontrados durante o processo de compilação rapidamente. Entretanto, os compiladores usualmente emitem mensagens curtas, sem contexto, pouco informativas e com termos de difícil compreensão. Este trabalho apresenta o plug-in Error Message System (EMS) que permite a apresentação das mensagens de erro mais fáceis de entender e mais informativas. EMS é um plugin para a IDE Eclipe e é altamente configurável através de linguagens específicas de domínio(LED). As LEDs permitem que usuários comuns façam suas próprias mensagens de erro e as compartilhem. Programadores iniciantes podem utilizar um conjunto de mensagens adaptadas a eles, reduzindo o tempo de compreensão e correção dos erros de compilação.

Setdb1 est une «histone» lysine méthyltransférase (KMT) appartenant à la famille SUV39, l’une des principales machineries épigénétiques de répression des gènes. Setdb1 établit notamment la mono-, la di- et la tri- méthylation sur la lysine 9 de l'histone H3 (H3K9).Setdb1 est essentiel pour la survie, la pluripotence et l'auto-renouvellement des cellules souches embryonnaires de souris (mESCs); son knock-out est mortel au stade de la péri-implantation à 3,5 dpc chez la souris. Setdb1 est également nécessaire pour la différenciation de nombreux types de cellules progénitrices : spermatogenèse, neurogenèse, différenciation des chondrocytes et différenciation des muscles squelettiques. De plus, Setdb1 a été associé à plusieurs maladies: il est amplifié dans le mélanome et le cancer du poumon et il est dérégulé dans les cancers du foie, de la prostate, colorectal et du sein, dans la maladie de Huntington et la schizophrénie. Remarquablement, au-delà des histones, Setdb1 méthyle nombreux substrats non-histones, y compris UBF, p53, Akt, Tat et Ing2.Bien que Setdb1 ait toujours été associé à son rôle nucléaire, il s'avère que Setdb1 est la seule KMT de la famille SUV39 à avoir également une localisation cytoplasmique, dans plusieurs types de cellules, y compris les mESCs, les fibroblastes embryonnaires de souris (MEFs) et les cellules HeLa. Cependant, la fonction de Setdb1 dans le cytoplasme reste totalement inconnue. Pour étudier le rôle cytoplasmique de Setdb1, nous avons utilisé des cellules souches embryonnaires de souris (mESCs), dans lesquelles Setdb1 est essentiel. Nos résultats montrent que Setdb1 cytoplasmique est crucial pour la survie des mESCs: en effet, le nombre de cellules apoptotiques augmente après la perte de Setdb1 cytoplasmique. Nous avons constaté que le Setdb1 cytoplasmique affecte la synthèse de protéines dans les mESCs. Nous montrons en outre que le Setdb1 cytoplasmique interagit avec la protéine Trim71 spécifique de mESC (également appelée Lin41) et avec le facteur de traduction d'initiation eIF3c dans les mESC. Enfin, nous avons démontré que Setdb1 et Trim71 co-régulent ensemble la stabilité et la traduction des mARNs. Nos données actuelles mettent au jour la fonction cytoplasmique essentielle d'une lysine méthyltransférase appelée Setdb1, au début considérée comme étant spécifique uniquement des histones et apportent de nouvelles informations sur la régulation post-transcriptionnelle de l'expression génique médiée par un régulateur épigénétique fondamental
Setdb1 is a “histone” lysine methyltransferase (KMT) belonging to the SUV39 family that methylates lysine 9 of histone H3 (H3K9), one of the major epigenetic machineries mainly involved in gene repression. Notably, Setdb1 establishes mono-, di- and tri-methylation of H3K9. Setdb1, or Eset in mice, is essential for the survival, the pluripotency and the self-renewal of mouse embryonic stem cells (mESCs); Eset knockout is lethal at the peri-implantation stage at 3.5 dpc in mice. Setdb1 is also required for the differentiation of many progenitor cell types: spermatogenesis, neurogenesis, chondrocyte differentiation and skeletal muscle differentiation. Moreover, Setdb1 has been associated with several diseases: it is amplified in melanoma and lung cancer and it is dysregulated in liver, prostate, colorectal and breast cancers, Huntington disease and schizophrenia.Remarkably, beyond histones, Setdb1 methylates many non-histone substrates, such as UBF, p53, AKT, Tat and ING2 proteins. Although Setdb1 has been always associated with its nuclear role, it turns out that Setdb1 is the only H3K9 KMT to have also a cytoplasmic localization, in several cell types, including mESCs, mouse embryonic fibroblasts (MEFs) and HeLa cells. However, the function of Setdb1 in the cytoplasm remains totally unknown. To investigate Setdb1 cytoplasmic role, we have used mouse embryonic stem cells (mESCs), in which Setdb1 is essential. Our results show that cytoplasmic Setdb1 is crucial for the survival of mESCs: indeed, the number of apoptotic cells increases after the loss of cytoplasmic Setdb1. We found that cytoplasmic Setdb1 affects newly protein synthesis in mESCs. We further show that cytoplasmic Setdb1 interacts with mESCs-specific protein Trim71 (also called Lin41) and with the initiation translation factor eIF3c in mESCs. Finally, we reported that Setdb1 and Trim71 together co-regulate mRNA stability and translation. Our current data unravel the essential cytoplasmic function of Setdb1, for long time considered exclusively an “histone” lysine methyltransferase, and provide new insights into the post-transcriptional regulation of gene expression mediated by a fundamental epigenetic regulator

博士
淡江大學
資訊工程學系
92
Extensively studied in computer science and education, distance learning not only allows students to acquire knowledge over the Internet through courses, but also provides a viable solution for individuals with no time for traditional classroom instruction. Distance learning allows individuals to learn without the constraints of time and location by using text, voice, video and data. However, in a real time distance learning system, learners and teachers interact with each other through questions and replies sent online. Conversely, a traditional distance learning system requires supervisors or teachers always available on online to facilitate and monitor a learner’s progress by answering questions and guiding users. Such a system is not only expensive, but requires constant supervision online. This dissertation presents an English chat room system in which students discuss course contents and ask questions to and receive from teachers and other students. An novel mechanism is also proposed that does not require that supervisors constantly remain online to handle queries. The mechanism contains an agent that detects syntax errors in sentences written by the online the user and also checks the semantics of a sentence. For instance, learners making a semantic level mistake imply that they do not understanding the course topic or particular issue. The agent can thus offer recommendations to the user and, then, analyze the data of the learner corpus. When users query the system or others, this system will attempt to find the answers from the knowledge ontology or learner corpus that is stored in the records of previous user comments. If a sufficient number of QA pairs can be obtained, the FAQ can be provided for the learners. With the availability of automatic supervisors, messages can be monitored and syntax or semantic mistakes can be corrected to resolve learner-related problems.

碩士
國立政治大學
心理學研究所
97
This article has two main goals about verifying the ideas of the Dual Autonomy Model (Yeh & Yang, 2006; Yeh, Bedford, & Yang, 2007; Yeh, Liu, Huang, & Yang, 2007). The first is testing the collective effect of dual autonomy and situational operation on message discernment to support the processing mechanism of the domain superiority hypothesis. The second is using the message discernments as performance criteria variable to prevent the common method variance bias and replicate the each hypotheses of dual autonomy. In study 1, 811 senior high school students from north and south of Taiwan as participants were asked to complete a group-survey in their classrooms. A medium correlation between individuating autonomy (IA) and relating autonomy (RA) replicates the coexistence hypothesis. It was also found a distinguishable criterion-validity confirms the domain superiority hypothesis that IA was greater associated with personal domain message discernment but RA was greater associated with interpersonal domain message discernment. This effect of domain superiority was enhanced only under the congruous situational operation condition, shows the collective effect of situation and autonomy capacity that verifies the processing mechanism of domain superiority. For strengthening the result of study 1, study 2 improves the situational operation materials and the message discernment tasks. 61 college students whose dual autonomy both are higher and 63 college students whose dual autonomy both are lower were recruited as participants for study 2 from school in north of Taiwan. They were invited to a small room separately and asked to complete all of the materials and tasks that were presented on computer. The participants with higher dual autonomy have better message discernments of both domains than the participants with lower dual autonomy, replicates the effect of dual autonomy on message discernments. The congruous situational operation produced greater message discriminations than incongruous or none situational operation. This situational effect was only significant on the participants with higher dual autonomy, shows the collective effect of situation and autonomy capacity, confirms the coexist of dual autonomy, and also verifies the processing mechanism of domain superiority. These results and limitations of these two studies, comparison with the past findings, and considerations for future research are discussed.

碩士
國立臺北科技大學
資訊工程系
106
With the popularization of instant messaging software, the number of users has become larger and larger, and various types of communication software have also been launched one after another. The nature of such instant messenger software is similar to that of mobile phone telecommunications services. Instant messaging between users can be performed under the same specifications, and multimedia messages such as pictures and videos can be provided in addition to voice and text messages. There is a lack of intermediate bridges between instant messaging software, which allows users to be separated into different groups, creating barriers for users of different instant messaging software. It is very inconvenient in terms of user experience and lacks a platform between messaging software. This study will use Line and messenger instant messenger software as an example to implement cross-domain messaging paradigms through APIs provided by both of them to provide new instant messaging methods for two software users. At the same time, it will use software engineering to modularize the message receiving and sending functions so that new communication software can quickly access the system, enabling the system to rapidly expand the service audience and applying the GCP (Google Cloud Platform) cloud service. The system is built, and the GCP cloud services automatic expansion and load balancing functions enable the information transfer between the two to rely on the powerful platform resources provided by cloud services, maintain high response efficiency, and achieve the demand for cross-domain instant messaging.

Le transport et la traduction localisée des ARN messagers sont observés chez plusieurs organismes et sont requis pour de multiples phénomènes tels la mémoire, la division cellulaire asymétrique et l’établissement des axes durant le développement. Staufen, une protéine liant l’ARN double-brin, a été identifié dans un premier temps chez la mouche à fruits Drosophila melanogaster. Il a été montré, chez cet organisme, que Staufen est requis pour la localisation des messagers bicoid et oskar aux pôles antérieur et postérieur de l’ovocyte, respectivement. Également, Staufen est requis afin que la répression traductionnelle du messager oskar soit levée une fois qu’il est bien localisé. Chez les mammifères, Stau1 est une protéine ubiquiste qui est présente dans des complexes prenant la forme de granules dans les dendrites des neurones. Également, Stau1 peut interagir de façon indépendante de l’ARN avec le ribosome et cofractionner tant avec la sous-unité 40S qu’avec la sous-unité 60S du ribosome dans un gradient de saccharose. L’implication de Stau1 dans un mécanisme permettant la dérépression traductionnelle de certains ARNm chez les mammifères était donc une voie d’investigation intéressante. Nous avons donc décidé de vérifier si Stau1 mammifère avait la capacité de stimuler la traduction d’un ARNm cellulaire via un mécanisme régulé. Au moment où cette thèse a été entreprise, aucun ARNm cellulaire lié par Stau1 n’avait été identifié chez les mammifères. Des structures d’ARN double-brin ont donc été employées afin de réprimer la traduction d’un ARNm rapporteur. C’est ainsi que nous avons montré que Stau1 peut stimuler la traduction d’un ARNm lorsqu’il lie celui-ci dans sa région 5’ non-traduite. Par la suite, en employant des micropuces d’ADN, nous avons identifié des messagers cellulaires dont la distribution dans les polysomes lourds est modifiée par Stau1. En effet, un groupe de messagers est enrichi dans les polysomes lourds suite à une surexpression de Stau1, ce qui suggère que Stau1 stimule la traduction de cette population d’ARNm. Afin d’identifier un mécanisme potentiel de régulation de l’activité traductionnelle de Stau1, nous nous sommes intéressés à la capacité d’auto-association de cette protéine. Nous avons montré que Stau1, tout comme plusieurs protéines liant l’ARN double-brin, est en mesure de s’associer à lui-même, et ce, d’une façon indépendante de l’ARN. Nous avons identifié les déterminants impliqués mettant ainsi au jour un nouveau mécanisme pouvant influencer les activités cellulaires de Stau1. Les résultats présentés dans cette thèse suggèrent donc que Stau1 est en mesure de stimuler la traduction d’une sous-population précise d’ARN messagers au sein de la cellule permettant ainsi de jeter un regard nouveau sur l’implication de cette protéine dans divers phénomènes au sein de l’organisme.
Transport and local translation of RNA are found in several organisms and are required for multiple phenomena such as memory, asymmetric cell division and establishment of the axis during development. Staufen, a double-stranded RNA binding protein, was first identified in Drosophila melanogaster. In the fruitfly, it was shown that Staufen is required for the proper localization of the bicoid and oskar transcripts to the anterior and posterior ends of the oocyte, respectively. It was also found that Staufen is important for the translational derepression of oskar once it is adequately localized. In mammals, Stau1 is a ubiquitous protein found in granules in the dendrites of neurons. Also, Stau1 can bind the ribosome in a RNA-independent manner and cofractionates with both ribosomal subunits in a sucrose gradient. The implication of Stau1 in a mechanism allowing translational derepression of certain RNAs in mammals was therefore an interesting path to explore. Accordingly, we decided to verify if mammalian Stau1 had the capacity to stimulate the translation of cellular RNAs through a regulated mechanism. When this thesis was initiated, no cellular RNA target of Stau1 had been identified in mammals. Therefore, double-stranded RNA structures were used to repress the translation of a reporter mRNA. With this model, we showed that Stau1 can stimulate the translation of a transcript when it is bound to its 5’ UTR. With the use of DNA microarrays, we identified cellular mRNAs which distribution in heavy polysomes was altered by Stau1. When Stau1 is overexpressed, this group of mRNAs is enriched heavy polysomes, suggesting a translational stimulation of this population by Stau1. To identify a regulatory mechanism that could influence Stau1’s translational activity, we studied the self-association capacity of this protein. We showed that Stau1, like several double-stranded RNA binding proteins, can self-associate in a RNA-independent manner. We have identified the determinants required for this interaction that as the potential to be important for the regulation of the cellular activities of Stau1. The results presented in this thesis suggest that Stau1 can stimulate the translation of a specific subset of mRNAs in the cell, letting us look at Stau1’s implication in different processes from a new point of view.