Дисертації: "Marqueur microsatellite"

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Cochard, Benoît. "Etude de la diversité et du déséquilibre de liaison au sein de populations améliorées de palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq. )." Montpellier SupAgro, 2009. http://www.theses.fr/2009NSAM0001.

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Анотація:

Pour comprendre la complémentarité entre les origines africaines et les origines "asiatiques" améliorées et pour diversifier la base génétique utilisée dans les programmes de sélection du palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq. ), la structure des ressources génétiques impliquées dans l'histoire de la sélection du palmier à huile en relation avec le germplasme africain incluant des populations subspontannées nécessite d'être étudiée. Dans cette étude, 14 marqueurs microsatellites (SSR) ont été utilisés. Les analyses descriptives et Bayésiennes de la diversité génétique du palmier à huile révèlent deux groupes originaux qui reflètent la discontinuité la discontinuité des espèces africaines dans la région de Dahomey-Gap : d'une part l'Afrique de l'ouest (Groupe I) et d'autre part le "Bénin-Nigeria-Cameroun-Congo-Angola" (Groupe II). Dérivant du groupe II, le groupe Deli (Groupe III) est le résultat de la sélection artificielle. Afin d'identifier des locus associés à des caractères agronomiques par étude d'association, la caractérisation du déséquilibre de liaison (DL) a été entreprise sur 3 origines améliorées de palmier à huile : La Mé, Yangambi et Deli. 74 marqueurs SSR ont été retenus pour caractériser le DL sur l'ensemble du génome, à raison de 2 couples de locus par groupe de liaison, environ et d'une région ciblée dans les groupes de liaison 8 et 15. L'étendue du DL varie selon les origines et varie aussi en fonction des groupes de liaison. Les études d'association, réalisées entre des locus du GL8 et la croissance en hauteur, confirment la présence du QTL détecté pour ce caractère par cartographie multiparentale. Cette étude montre qu'il est possible de détecter des associations, des QTL sur des fonds génétiques plus importants que ceux utilisés dans la détection de QTL. Si l'on veut augmenter la précision de détection des QTL, il est nécessaire de disposer des dispositifs spécifiques.

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Knapp, Jenny. "Caractérisation et validation du marqueur microsatellite multilocus répété en tandem EmsB pour la recherche de polymorphisme génétique chez Echinococcus multilocularis : application à l'étude de la transmission du parasite en Europe." Phd thesis, Université de Franche-Comté, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00338957.

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Анотація:

Echinococcus multilocularis est un parasite nécessitant pour survivre un passage successif entre les carnivores, comme le renard et les micro-mammifères. Le parasite est responsable chez l'homme de l'Echinococcose Alvéolaire, une maladie mortelle si elle n'est pas prise en charge. Uniquement décrit dans l'hémisphère nord (Chine, Japon, Europe et Amérique du Nord), la distribution spatiale du parasite semble connaître une évolution récente, notamment en Europe, où l'Arc alpin est décrit comme le foyer historique d'E. multilocularis dans cette région. Le génotypage a été choisi pour étudier la diffusion du parasite en Europe. Cependant, le manque d'outils de détection du polymorphisme du parasite nécessitait la recherche et la caractérisation de marqueurs possédant un haut pouvoir discriminant. Après caractérisation et validation de la cible EmsB multilocus répétée en tandem, la diversité génétique du parasite en Europe a été étudiée à différentes échelles spatiales d'analyse. A l'échelle micro-locale (rongeurs parasités d'une même pâture), les isolats présentaient une faible diversité génétique entre eux, évoquant une contamination des rongeurs par une même source infectieuse (e.g. les fèces d'un même renard parasité). A l'échelle locale (900 km²), 140 parasites de 25 renards ont été étudiés. Les parasites présentaient une diversité génétique permettant de distinguer 6 profils EmsB. La présence simultanée de différents profils chez le renard a été décrite de manière fréquente, évoquant des infestations répétées des renards. Un faible taux d'hétérozygotie a été trouvé chez le parasite, ce qui pourrait être expliqué par un mode de reproduction principalement clonal. A l'échelle continentale (9 sous-régions européennes de la zone endémique historique et de la périphérie de celle-ci) la diversité génétique et la structure spatiale du polymorphisme ont été étudiées à partir de 653 isolats (596 vers adultes isolés de 129 renards, 57 lésions opérés chez des patients et des animaux vivant en captivité). Une grande diversité génétique a été observée en Europe, avec la description de 54 profils EmsB. Des profils transversaux ont été trouvés de part et d'autre de la zone d'étude alors que d'autres plus endémiques étaient limités spatialement. L'étude de la composition génétique au sein des sous-régions européennes a permis de mettre en évidence une plus grande diversité génétique dans le foyer historique par rapport à sa zone périphérique, où quelques profils représentaient la majorité des parasites. Cette distribution évoque une dispersion du parasite à partir de la zone centrale vers la zone périphérique dans un système de transmission « continent-île ». Chez l'homme et l'animal en captivité des profils EmsB décrits comme endémiques ont été trouvés sur plusieurs années, montrant une contamination de manière locale par une même souche. Cette étude constitue la première application d'un marqueur microsatellite multilocus pour l'étude de la circulation d'un helminthe à l'échelle continentale.

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Avenot, Hervé. "Variabilité au sein de l'espèce fongique phytopathogène Alternaria brassicicola : analyse au niveau d'un marqueur sélectionné de type résistance aux fongicides et de marqueurs neutres de type microsatellites." Angers, 2005. http://www.theses.fr/2005ANGE0033.

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Alternaria brassicicola est responsable du blackspot des crucifères, une maladie transmissible par les semences qui entraîne des pertes importantes de rendement. Des isolats de terrain de ce champignon hautement résistants aux fongicides dicarboximides et phenylpyrroles ont été identifiés. Ces isolats résistants restent néanmoins pathogènes mais la plupart sont plus sensibles aux chocs osmotiques que des souches sauvages. Pour élucider les bases moléculaires de la résistance et de l’ osmosensibilité, un gène AbNIK1 codant une histidine kinase osmosenseur a été isolé à partir d’un isolat sauvage et sa séquence comparée avec des séquences correspondantes isolées de souches résistantes. Toutes les souches résistantes et osmosensibles correspondent à des mutants nuls pour le gène AbNIK1. Afin d'analyser les effets des mutations nulles dans le gène AbNIK1 sur la fitness du pathogène, les souches présentant un tel génotype ont été inoculées sur radis en conditions naturelles. Les analyses sanitaires des semences produites indiquent que les mutants nuls sont fortement affectés dans leur compétitivité avec les souches sauvages en absence de pression de sélection. En parallèle, la diversité génétique au sein de l’espèce A. Brassicicola a été étudiée. Douze loci microsatellites polymorphes ont été identifiés et analysés au sein d’une population d’origine géographique variée. En accord avec la biologie de ce champignon, absence de reproduction sexuée et transmission via les semences, un polymorphisme assez faible (3,5 allèles par locus) et une absence de structuration de la population étudiée ont été observés
Alternaria brassicicola causes blackspot disease of crucifers worldwide. This disease is seed-borne and responsible for important yield losses. Field isolates of A. Brassicicola highly resistant to dicarboximide and phenylpyrroles fungicides have been identified. These isolates are still pathogenic to host plants and most of them are more sensitive to osmotic stress than wild type strains. To elucidate the molecular basis of the osmosensitive and dicarboximide/phenylpyrrole-resistant phenotypes, an osmosensing histidine kinase gene AbNIK1 was isolated from a fungicide-sensitive isolate and its sequence compared with corresponding sequences from fungicide-resistant isolates. All the fungicide-resistant strains displaying a osmosensitive phenotype were found to have null mutations in the AbNIK1 gene. To investigate the effects of AbNIK1 null mutations on their fitness, these strains were inoculated on radish under field conditions. Quality controls of produced seeds revealed that null mutants are strongly affected in their competitivity towards wild type strains in the absence of selective pressure. In parallel, the genetic diversity within the species A. Brassicicola was estimated. Twelve polymorphic microsatellite loci were identified and used to analyze a population of strains with various geographic origins. In agreement with the lifestyle of this fungus (absence of sexual reproduction and seed transmission) a relatively weak polymorphism (3. 5 alleles per locus) and an absence of population structuration were observed

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Iquira, Elmer. "Évaluation de la diversité génétique chez deux collections de soja à l'aide de marqueurs microsatellites." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25896/25896.pdf.

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Queney, Guillaume. "Histoire des populations et organisation sociale du lapin européen (Oryctolagus cuniculus) à travers l'étude de marqueurs microsatellites." Paris 7, 2000. http://www.theses.fr/2000PA077192.

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Les marqueurs microsatellites se sont révélés être des outils moléculaires informatifs pour appréhender l'histoire du lapin européen (Oryctolagus cuniculus) sur son aire de répartition originelle, et pour mieux comprendre la structuration des populations et l'organisation sociale de cette espèce. Le lapin, présent à l'origine sur la péninsule ibérique, a connu une expansion dans le sud de la France et plus récemment (Moyen-Âge) vers le nord. Les microsatellites apportent une confirmation définitive de l'existence d'un fort goulot d'étranglement génétique associe à la colonisation du sud de la France a partir du nord-est de l'Espagne et suggèrent une propagation en France selon deux routes principales (le long du couloir rhodanien et vers l'ouest du pays). L'analyse des races domestiques révèle une origine de la domestication géographiquement restreinte au nord de la France. L'étude des comportements laissait penser, jusqu'à maintenant, que les animaux dominants monopolisent la reproduction. Certes, l'analyse des relations de parente au sein d'une population a mis en évidence une importante variabilité du succès reproducteur mais indique aussi que l'accès a la reproduction est partagé par tous les animaux. Cette étude montre également qu'une partie des croisements implique des individus appartenant à des groupes familiaux différents alors que les accouplements avaient uniquement été décrits entre animaux d'un même groupe social. L'organisation sociale ne conduit donc pas à une structuration génétique des groupes reproducteurs. Les microsatellites constituent des marqueurs neutres polymorphes qui se sont avérés utiles pour aborder des questions relevant aussi bien de la phylogéographie, que des études intra-populationnelles. Ces données ont permis d'évaluer les avantages et les limites des microsatellites et de comprendre leur mode d'évolution chez le lapin.

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Roustan, Pau. "Contribution à l'élaboration de la carte génétique du chromosome X humain : caractérisation de nouveaux marqueurs génétiques du type microsatellite." Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU30236.

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Le programme de cartographie et sequencage du genome humain ouvre deja d'immenses perspectives a la medecine mais devrait aussi apporter son lot de surprises quant aux etudes menees sur la structure, l'expression, la fonction et l'evolution de notre patrimoine genetique. Le genome humain contient 50000 a 100000 copies d'une sequence hautement dispersee du type (dc. Da)n/(dg. Dt)n pour laquelle n peut varier d'un chromosome a l'autre pour un locus donne. La repartition reguliere de ces repetitions de dinucleotides le long des chromosomes et le fait que ces sequences sont facilement analysables par la reaction d'amplification genique, font de ces dernieres, aussi appelees micro-satellites, des marqueurs genetiques du plus haut interet. Le travail presente dans cette these se voudrait etre une contribution a la construction d'une carte haute definition du chromosome x humain grace a l'emploi de tels marqueurs hautement polymorphiques. Apres quelques rappels concernant l'etat actuel de la genetique humaine, sont presentes a partir d'une banque de cosmides specifiques du chromosome x humain, le clonage, le sequencage et la determination du degre de polymorphisme de six micro-satellites. Les localisations physique et genetique de certains d'entre eux prolongent le travail de caracterisation de ces sequences. Enfin les possibles developpements de ce travail concernant la carte du chromosome x et l'identification de genes responsables de maladies hereditaires, sont brievement abordes au travers de quelques exemples d'application

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WEINMAYR, GUDRUN. "Apports des marqueurs microsatellites a l'etude de la dispersion reelle en manche d'especes d'annelides polychetes a cycle benthopelagique." Paris 6, 1999. http://www.theses.fr/1999PA066530.

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Les polychetes owenia fusiformis (delle chiaje) et pectinaria koreni (malmgren) font partie du peuplement a abra alba infeode aux sediments fins de la manche. Dans cette mer megatidale, les sediments fins et leurs especes associees sont restreints aux zones a faible hydrodynamisme, c'est-a-dire essentiellement les baies et les estuaires. Ces deux especes de polychetes benthiques possedant des larves planctonotrophes sujettes a un transport passif dans la colonne d'eau, constituent un modele excellent pour etudier l'effet de la dispersion larvaire dans le cas de populations a priori isolees dans l'espace. L'isolement de marqueurs microsatellites a ete entrepris a partir des banques genomiques de ces deux especes. Les resultats montrent que les microsatellites sont abondants chez p. Koreni mais tres rares chez o. Fusiformis. Ceci est confirme par une experience dot blot qui a mis en evidence egalement une forte variabilite de l'abondance des microsatellites parmi les polychetes en particulier, et d'une facon plus generale, chez les invertebres marins ainsi que chez les insectes. La plupart des sequences microsatellites trouvees chez p. Koreni sont imparfaites et/ou composees, les motifs at etant les motifs les plus frequemment associes a d'autres microsatellites. Chez p. Koreni, nous avons developpe des marqueurs utilisables en genetique des populations : lors de leur mise au point, l'amplification par pcr s'est averee tres difficile et delicate, et seuls cinq marqueurs ont pu etre retenus. Tous les cinq marqueurs sont hautement polymorphes et presentent un fort deficit en heterozygotes, probablement en raison de la presence d'alleles nuls. La taille efficace de la population en baie de seine est elevee (environ un millier), mais inferieure de plusieurs ordres de grandeur aux effectifs estimes par echantillonnage. Il n'existe pas de differenciation genetique ni entre les differentes stations de la baie de seine, ni entre la baie de seine et la station de gravelines (sud de la mer du nord) situee a environ 200 km de la baie de seine. Le flux genique est alors assez important pour empecher une differenciation locale. Ces resultats confortent parfaitement les simulations de dispersion larvaire effectuees grace au modele numerique hydrodynamique de la manche.

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Picaud, Dorothée. "Phylogéographie du phoque commun (Phoca vitulina concolor) dans l'Atlantique nord-ouest utilisation de marqueurs microsatellites et de l'ADN mitochondrial /." Thèse, [Rimouski, Québec] : Université du Québec à Rimouski, 2008.

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Thèse (M. Sc.) -- Université du Québec à Rimouski, 2008.
Titre de l'écran-titre (visionné le 30 juin 2008). Mémoire présenté à l'Université du Québec à Rimouski comme exigence partielle du programme de maîtrise en océanographie. CaQRU CaQRU Comprend des réf. bibliogr.: (f. 69-77). Publié aussi en version papier. CaQRU

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Valière, Nathaniel. "Amélioration et optimisation des méthodes non-invasives et des marqueurs microsatellites en biologie des populations et de la conservation." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10075.

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Les récentes avancées en Biologie Moléculaire ont entraîné également des avancées en Biologie des Populations et de la Conservation, La mise au point de la Polymerase Chain Reaction, (PCR) a ainsi permis d'utiliser des échantillons ne contenant qu'une très faible quantité d'ADN. On peut désormais récolter des fèces ou des poils pour en extraire de l'ADN et pouvoir typer génétiquement les échantillons grâce, par exemple, à des marqueurs microsatellites. Cet échantillonnage non-invasif constitue une stratégie intéressante pour étudier des populations ou des espèces discrètes, rares ou en danger. Néanmoins, les faibles quantités et qualité de l'ADN associées aux inhibiteurs de PCR peuvent entraîner des erreurs de génotypage et ainsi biaiser l'identification des individus. Aussi des mises au point et des optimisations doivent être menées avant de commencer une étude à grande échelle. Nous allons voir dans ce mémoire qu'il est possible d'optimiser l'utilisation des échantillon non-invasifs et des microsatellites. Ceci sera réalisé autour des trois grandesétapes d'une étude: l'échantionnage, le génotypage et l'analyse des données. A chacune de ces étapes, des articles seront présentés. Nous aborderons ainsi: *- l'utilité de l'échantillonnage non -invasif pour étudier la colonisation du loup (Canis lupus) en France et en Suisse. *- la mise au point de l'extraction d'ADN à partir d'urine récoltée dans la neige, *-le développement d'un logiciel permettent de déterminer la stratégie d'une étude de population basée sur l'identification individuelle, * -l'utilité de la répétition des amplifications PCR our chaque échantillon et locus (approche multitubes) pour confirmer les génotypes (application avec le logiciel sus-cité), *-une comparaison (basée sur des simulations avec le logiciel sus-cité) des méthodes d'estimation de la taille de population, *-le développement d'un logiciel d'analyse des données d'identification individuelle.

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Roussel, Valérie. "Analyse de la diversité et de la structuration génétique d'une collection de blés tendres (Triticum aestivum) à l'aide de marqueurs agro-morphologiques, biochimiques et moléculaires." Rennes, Agrocampus, 2005. http://www.theses.fr/2005NSARC079.

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Le centre de ressources biologiques de l'INRA de Clermont Ferrand regroupe environ 10 000 accessions de blé tendre conservées ex situ et provenant du monde entier. Dans un souci de gestion efficace des ressources génétique, l'un des objectifs du centre est de constituer une ou plusieurs core collections afin de pouvoir utiliser au mieux la diversité génétique de la collection de base. Une description préalable de cette collection a donc été nécessaire. L'objectif de cette thèse était de mettre en évidence d'éventuelles structurations génétiques présentes dans une collection d'environ 4 000 génotypes sélectionnés pour représenter tous les pays présents dans la colelction de base ainsi que toutes les périodes d'inscription au catalogue des accessions. Ce travail a été effectué à trois niveaux géographiques différents. Tout d'abord, une première étude a été entreprise sur une sous collection de 559 blé français afin d'analyser l'existence éventuelle d'une structuration génétique temporelle, c'est-à-dire liée à la date d'inscription au catalogue. Trois types de marqueurs ont été utilisés (caractères agro-morphologiques, marqueurs moléculaires et biochimiques) et les structurations temporelles obtenues avec chacun ont été très similaires. Les trois types de marqueurs mettent en évidence une proximité des landraces et des variétés anciennes, puis une séparation des blés plus récents vers 1970 pour les caractères agro-morphologiques et les marqueurs moléculaires et vers 1980 pour les marqueurs biochimiques. Le clivage observé dans les années 1970 provient vraisemblablement de l'introduction des généteurs étrangers portants des gènes de nanisme au début des années 60 et le clivage observé en 1980 pour les marqueurs biochimiques explique la prise en compte des critères de qualité à cette période lors de la sélection du blé
Genetical resources centre at INRA Clermont-Ferrand groups about 10 000 bread wheat accessions originating from all over the world and maintained using the ex-situ technique. To proceed an efficient management of these resources one of the aims o this centre is to create one or several core collections, to be able to use in the best way the genetic diversity presented in the entire collection. So, a preliminary description of this collection was necessary. The aim of this thesis was to evidence possible genetic structuration in a sub-collection composed with about 4 000 accessions representing all the countries presented in the whole collection, and all the periods or registratrions. This work was processed tat three different geographical levels. First a study was done using a sub-collection of 559 french bread wheat accessions to analyse a possible temporal structuration linked to the registration period. Three different markers were used (agro-morphologic, molecular and biochemical) and the structurations obtained wre quite similar. All the markers evidenced a nearness between landraces and old varieties and a separation of the most recent wheats in the 70ies for agro-morphological traits and molecular markers, and in the 80ies for biochimecal markers. The separation observed in the 70ies comes probably from the introduction at the early 60ies of foreign genitors possessing dwarf genes, while the separation observed in the 80ies for biochemical markers indicates the new interest for the quality criteria in selection at this time

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Bergeron, Nathaël. "Distribution de l'épifaune associée à l'aquaculture de moule et estimation du flux génique de Mytilus edulis à l'aide de marqueurs microsatellites." Thèse, [Rimouski, Québec] : Université du Québec à Rimouski, 2005.

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Thèse (M. Sc.) - Université du Québec à Rimouski, 2005.
Titre de lʹécran-titre (visionné le 1er septembre 2006). Mémoire présenté à l'Université du Québec à Rimouski comme exigence partielle du programme de maîtrise en gestion de la faune et de ses habitats. CaQRU CaQRU Bibliogr.: f. 40-46. Paraît aussi en éd. imprimée. CaQRU

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Wattier, Rémi. "Recherche de marqueurs genetiques microsatellites et analyse de la structure genetique des populations chez une algue rouge haplo-diploide, gracilaria gracilis." Paris 6, 1998. http://www.theses.fr/1998PA066365.

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Cette these retrace les differentes etapes de la recherche et de la caracterisation de loci microsatellites chez gracilaria gracilis, une algue rouge haplo-diploide. Elle presente egalement les premiers resultats obtenus sur l'analyse de la structuration genetique des populations. La recherche de marqueurs se s'est averee tres difficile et la construction et l'analyse de deux banques genomiques n'ont permis que l'identification de deux loci polymorphes, gv1ct et gv2ct. Pour gv1ct, la determination de conditions de typages a elle-meme ete tres delicate. Cependant, les resultats obtenus nous permettent aujourd'hui de proposer un certain nombre d'ameliorations pour optimiser cette phase. Les premiers resultats sur le fonctionnement des populations mettent en evidence des differenciations genetiques entre populations et un isolement par la distance. Ils permettent egalement d'acceder aux flux geniques intra-population par une analyse de paternite. Ces resultats sont par ailleurs en contradiction avec nos hypotheses de depart sur le regime de reproduction, car ils montrent que cette espece est plutot de type allogame. Par ailleurs, ce travail a permis de mettre en avant un certain nombre de limites dans l'utilisation des marqueurs microsatellites. En effet, le locus gv1ct est caracterise par un niveau de polymorphisme associe a une gamme de variation de taille extraordinaire entrainant des difficultes d'amplification des grands alleles. Ces difficultes ont conduit a l'observation, dans certaines conditions defavorables de typages, d'alleles nuls chez les heterozygotes (dominance du petit allele). Enfin, le locus gv2ct nous a permis d'aborder l'evolution moleculaire des microsatellites. En effet, le sequencage des alleles au locus gv2ct revele l'existence : (i) d'une homoplasie de taille et (ii) de pas de mutation pouvant etre complexes ne faisant pas intervenir de simples variations du nombre de repetitions de l'unite principale du microsatellite.

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Rivet, Jacqueline. "Etude des marqueurs de progression tumorale dans les cancers de l'appareil urinaire de l' adulte." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077023.

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Les cancers du rein sont très vascularisés. Nous avons quantifié le taux du vascular endothelial growth factor (VEGF) et montré que ce taux est corrélé aux facteurs histopronostiques de ces tumeurs. Par microdissection tissulaire laser, nous avons séparé les cellules tumorales et stromales et montré que les taux d'ARNm du VEGF et du VEGFR-1 et non du VEGFR-2 étaient plus élevés dans les cellules tumorales et stromales par rapport aux cellules non tumorales. Ceci suggère que les cellules tumorales et stromales participent à la surexpression de VEGF et de VEGFR-1. La progression tumorale serait plus dépendante de la voie VEGFA/EGFR-1 que de la voie VEGFA/EGFR-2. La colocalisation du VEGF et du VEGFR-1 dans les cellules tumorales et stromales suggère l'existence de mécanismes autocrines et paracrines. La nécrose a été proposée comme facteur pronostique dans le cancer du rein avec des résultats contradictoires. La quantification de la nécrose sur lames par une technique de microscopie digitale a montré une excellente reproductibilité interobservateurs comparée à la microscopie conventionnelle. La microscopie digitale pourrait être un apport important dans la quantification de la nécrose tumorale après thérapies antiangiogéniques. Les pertes d'hétérozygotie et l'instabilité des microsatellites (MSI+) ont été étudiées dans les tumeurs urothéliales du haut appareil urinaire. L'instabilité des microsatellites était présente dans près de 50% des tumeurs étudiées, alors que la littérature n'en rapporte que 3% parmi les tumeurs de vessie. Les tumeurs urothéliales du haut appareil urinaire sont donc des tumeurs biologiquement distinctes des tumeurs urothéliales du bas appareil
Renal cell cancers are highly vascularised. We quantified VEGF and showed that its expression is correlated to prognostic factors in these tumors. Using laser microdissection, we sampled separately tumor cells and stromal cells. We showed that VEGF mRNA and VEGFR-1 mRNA (but not VEGFR-2 mRNA) levels were higher in tumor and stromal cells than in non tumor cells, suggesting that both tumor and stromal cells contribute to VEGF and VEGFR-1 overexpression. Tumor growth may be under the control of the VEGFA/EGFR-1 pathway rather than the VEGFA/EGFR-2 pathway. Moreover, VEGF and VEGFR-1 colocalization in tumor cells and in stromal cells suggests autocrine and paracrine interactions. Necrosis may be a prognostic factor in renal cancer but this is still controversial. Quantification of necrosis on tissue sections using digital microscopy has proved to be highly reproducible as compared to conventional microscopy. Digital microscopy could therefore become an important tool for the quantitation of necrosis after antiangiogenic treatments. Allelic losses and microsatellite instability (MSI+) have been analysed in tumors of the upper urinary tract. MS was observed in over 50% of tumors, while only 3% of bladder tumors were MSI+. Urothelial tumors of the upper urinary tract are therefore biologically different from those of the lower urinary tract

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Dayo, Guiguigbaza-Kossigan. "Recherche de marqueurs génétiques associés à la tolérance et/ou sensibilité des bovins aux trypanosomoses africaines." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20167.

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L'objectif de cette thèse était d'identifier des marqueurs génétiques associés à la tolérance/sensibilité des bovins aux trypanosomoses africaines. Des analyses d'association entre marqueurs microsatellites et phénotype trypanotolérant (contrôle de l'hématocrite) ont été réalisées sur une population de bovins métis taurins Baoulé/Zébu peul élevés en conditions naturelles au Sud-ouest du Burkina Faso. Les marqueurs microsatellites utilisés étaient localisés dans quatre régions QTL (Quantitative Trait Loci) préalablement identifiés comme liés au contrôle de l'anémie ou de la parasitémie chez des métis N'Dama/zébu Boran. Le déséquilibre de liaison (DL) a été estimé par les mesures D', r' et χ² à partir de données génotypiques et haplotypiques. Les résultats obtenus ont montré une grande diversité génétique en termes de nombre moyen d'allèles par locus, d'hétérozygoties et un faible DL s'étendant sur une courte distance comparativement aux populations bovines européennes sélectionnées. L'ANOVA a montré qu'un allèle du marqueur MNB-42 est significativement associé à ce phénotype (FDR = 0. 011). La recherche de signatures de sélection, effectuée sur des taurins africains trypanotolérants, des zébus africains et des taurins européens trypanosensibles, en utilisant des tests basés sur la réduction de la variabilité des marqueurs microsatellites entre les populations trypanotolérantes et les populations trypanosensibles d'une part et des tests basés sur la différentiation génétique d'autre part, a permis de détecter des marqueurs qui s'écartent de l'hypothèse d'évolution neutre et qui sont donc vraisemblablement liés à des locus sélectionnés. Nos résultats confortent l'hypothèse selon laquelle la sélection naturelle a contribué au développement de la trypanotolérance chez les taurins ouest-africains
This thesis aimed at identifying genetic markers associated with tolerance / sensitivity of cattle to African trypanosomosis. Association studies between microsatellite markers and trypanotolerance phenotype (anaemia control) were performed on a crossbred Baoule/zebu peul cattle population in natural conditions in south-western Burkina Faso. For genotyping, we used microsatellite markers located in four QTL (Quantitative Trait Loci) regions previously identified as related to anaemia or parasitaemia control in N'Dama / Boran zebu crossbred population. The linkage disequilibrium (LD) was estimated with D', r' and χ'² measures from genotype and haplotype data. Results showed high genetic variability in terms of mean number of alleles per locus, heterozygosities and the LD extends over shorter distances than what has been observed in selected European bovine populations. The ANOVA test showed that an allele of MNB-42 microsatellite marker was significantly associated with this phenotype (FDR = 0. 011). The search for signatures of selection performed on African trypanotolerant taurine, African trypanosusceptible zebu and European trypanosusceptible taurine, using tests based on the reduction of the microsatellite markers variability between trypanotolerant cattle and trypanosusceptible cattle in one hand and tests based on genetic differentiation on the other hand, allowed the detection of outliers (markers that deviate from the assumption of neutral evolution) that are probably linked to selected loci. Our results support the hypothesis that natural selection contributed to the development of trypanotolerance in West African taurine populations

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Roy, Marc-André. "Caractéristiques génétiques des principaux gisements de pétoncle géant (Placopecten magellanicus) à l'échelle du golfe du Saint-Laurent analyse à l'aide de marqueurs microsatellites /." Thèse, [Rimouski, Québec] : Université du Québec à Rimouski, 2005.

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Thèse (M. Sc.) - Université du Québec à Rimouski, 2005.
Mémoire présenté à l'Université du Québec à Rimouski comme exigence partielle du programme de maîtrise en océanographie. Comprend un résumé. Titre de l'écran-titre (visionné le 29 juin 2006). CaQRU CaQRU CaQRU Bibliogr.: f. [106]-121. Parait aussi en éd. imprimée. CaQRU

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Meyer, Lucie. "The annual ragweeds (Ambrosia artemisiifolia L. - Ambrosia trifida L.) : adaptive response to chemical weeding and population genetics in agricultural environments." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2018. http://www.theses.fr/2018UBFCK005.

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Ce travail a eu pour but premier d’étudier le risque d’évolution de la résistance aux herbicides inhibiteurs de l’acétolactate synthase (ALS) chez l’ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia L.) à travers quatre points : (i) la pression de sélection (étude de l’efficacité d’une gamme d'herbicides inhibiteurs de l’ALS), (ii) la capacité de réponse adaptative de l’adventice (détermination de la variation de la sensibilité aux inhibiteurs de l’ALS entre plantes et mise en place d’un programme de sélection récurrente), (iii) une étude de terrain (recherche de résistance aux inhibiteurs de l’ALS au champ en France), (iv) l’étude des mécanismes de résistance (liée à la cible – RLC – et non liée à la cible – RNLC – par une approche de transcriptomique). Le second objectif fut d’étudier la connectivité des populations d’A. artemisiifolia dans des paysages agricoles à l’aide de marqueurs microsatellites développés lors de ce travail afin de déterminer les facteurs qui pourraient faciliter la dispersion de cette espèce et de la résistance à l’échelle du paysage agricole.En ce qui concerne la résistance aux herbicides :-La réponse de d’A. artemisiifolia aux herbicides inhibiteurs de l’ALS est très variable entre substances.-Des plantes ayant survécu à la dose maximale autorisée et à des doses supérieures de metsulfuron ont été sélectionnées pour débuter un programme de sélection récurrente. Après deux cycles de sélection, on observe une intensification de la résistance au metsulfuron et une émergence de la résistance à l’imazamox et au tribénuron.-Trois cas de résistance à l’imazamox ont été identifiés au champ dont deux cas de pure RNLC et un cas de coexistence RLC – RNLC.-Un transcriptome d’A. artemisiifolia a été généré grâce à la technique de séquençage PacBio pour rechercher des gènes impliqués dans les mécanismes de RNLC (approche RNAseq). 62 gènes candidats ont été identifiés dont des transporteurs ABC, des cytochromes P450 ainsi que des glutathione-S-transférases connus pour être impliqués dans la dégradation des herbicides.Pour l’étude de la connectivité des populations agricoles :-26 marqueurs microsatellites ont été développés et ont révélé une forte variabilité génétique. La structuration génétique a été étudiée à grande échelle pour des populations d’A. artemisiifolia d’Europe (aire d’invasion) et d’Amérique du Nord (aire d’origine).-À une échelle plus fine (paysage agricole), la structure génétique des populations reste influencée par les événements de colonisation. Les événements de migration qui ont été identifiés entre zones de présence de l’ambroisie suggèrent des flux de gènes (pollen/semences) et une connectivité modérés à l’échelle d’un territoire agricole. Dans les environnements agricoles, la dispersion des allèles de résistance aux herbicides pourrait se faire facilement de proche en proche via les flux de pollen, et également à plus longue distance via des dispersions de graines. Les activités anthropiques jouent un rôle majeur dans la dispersion des semences (machineries agricoles, lots de semences contaminés…).-L’analyse du système de reproduction a confirmé que cette espèce est allogame ce qui entraîne des flux de gènes intra- et inter-populations importants.Les connaissances acquises au cours de ce travail pourront aider à développer des stratégies de contrôle mieux adaptées, pour lutter efficacement contre A. artemisiifolia afin de limiter son expansion, telles que :-Des stratégies de désherbage diversifiées : combinaison de lutte mécanique (dont faux semis) et chimique (diversification des modes d’action herbicides).-Un allongement et une diversification des rotations de cultures en favorisant des cultures d’hiver et/ou des cultures couvrantes et compétitrices.Ces connaissances pourront aussi être utilisées dans la lutte contre une autre espèce adventice du genre Ambrosia, Ambrosia trifida.Mots-clés (6) : Ambrosia artemisiifolia L., ambroisies, résistance aux herbicides
The first aim of this work was to investigate the risk for the evolution of resistance to acetolactate synthase inhibitor (ALS) herbicides in the common ragweed (Ambrosia artemisiifolia L.) through four points: (i) the selection pressure (effectiveness of a range of ALS inhibitor herbicides), (ii) the adaptive response of Ambrosia artemisiifolia (recurrent selection experiment), (iii) a resistance monitoring in fields in France, and (iv) the investigation of the mechanisms underlying herbicide resistance (target-site (TSR) and non-target-site resistance (NTSR) using transcriptomic analyses). The second aim was to study the connectivity of A. artemisiifolia populations in agricultural landscapes using microsatellite markers developed during this work, to determine factors that could facilitate the spread of this invasive weed species and the spread of herbicide resistance.In regards to herbicide resistance:-The sensitivity of A. artemisiifolia to ALS-inhibiting herbicides is variable between active ingredients.-Plants that survived the French maximum authorized field rate and higher rates of metsulfuron were selected to implement a recurrent breeding program. After two selection cycles, the resistance level to metsulfuron increased and resistance to imazamox and tribenuron emerged.-Three cases of imazamox resistance were identified in the field, including two cases of pure NTSR and one case of TSR - NTSR coexistence.-A transcriptome for A. artemisiifolia, AMBELbase, was generated using the PacBio sequencing technology to search for genes involved in NTSR mechanisms (RNAseq approach). 62 candidate contigs were identified including ABC transporters, cytochromes P450 and glutathione S-transferases known to be involved in the degradation of herbicides.In regards to population connectivity:-26 microsatellite markers were developed and revealed high genetic variability. Genetic structuring has been studied on a large scale for populations of A. artemisiifolia from Europe (invasion range) and North America (native range).-On a finer scale (agricultural landscape), the genetic structure of populations was influenced by colonization events. Migration events detected among the areas colonized by A. artemisiifolia suggested moderate pollen/seed flows and connectivity at the farmland scale. In agricultural environments, herbicide resistant alleles could be easily spread among neighbouring populations via pollen flow, and also at longer distances via seed dispersal. Human-related activities play a major role in the dispersal of seeds (agricultural machinery, contaminated seed lots, etc.).-The mating system analysis confirmed that A. artemisiifolia is an obligate outcrossing species which leads to important intra- and inter-population gene flow.The knowledge acquired during this work may help to foster the development of better management strategies to effectively control A. artemisiifolia to limit its spread, such as:-Diversified weed control strategies: combination of mechanical (including false-seed) and chemical weeding (diversification of herbicide modes of action).-Longer diversified crop rotations including more winter crops and/or cover and competitive crops to break the life cycle of A. artemisiifolia.These knowledge may also be used to better control of another weed species of the genus Ambrosia, Ambrosia trifida L

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Barnetche, Thomas. "Enjeux méthodologiques de l'analyse de marqueurs génétiques dans les études d'association de maladies multifactorielles : application à la polyarthrite rhumatoïde." Toulouse 3, 2007. http://thesesups.ups-tlse.fr/43/.

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L'étude de la génétique des maladies multifactorielles, de par la complexité des mécanismes physiopathologiques en jeu d'une part, et de par les nouvelles capacités technologiques à notre disposition à l'ère post-génomique, soulève de nouveaux challenges méthodologiques. Ce travail s'attache à l'analyse des enjeux méthodologiques soulevés au regard de l'exemple de la polyarthrite rhumatoïde (PR), rhumatisme articulaire fréquent, chronique, à évolution de sévérité variable, et mettant en jeu un dérèglement de mécanismes immunitaires. Après une revue des stratégies d'approche de la génétique des maladies complexes, deux questions particulières ont été abordées. D'une part une étude cas/témoin a été conduite, à la recherche d'autres marqueurs distincts de HLA-DRB1, déjà connu comme étant associé à la PR; cette étude a également motivé la participation à un travail de fond sur l'organisation des informations disponibles dans la littérature et les bases de données moléculaires sur les marqueurs microsatellites. Enfin, d'autre part, une méta-analyse sur des échantillons de patients atteints de PR, caucasoïdes et non caucasoïdes, a été menée pour préciser les résultats obtenus à propos de la nouvelle classification des allèles HLA-DRB1 associés à la susceptibilité ou à la sévérité de la PR. PATIENTS ET METHODES : Une première étude cas-témoins, avec une population de 170 cas et 282 témoins, a permis d'étudier l'influence des marqueurs microsatellites de la région HLA sur la susceptibilité et la sévérité de la PR. Ensuite une méta-analyse, menée sur les résultats de patients atteints de PR étudiés lors du 13ème Workshop International d'Histocompatibilité, a permis de tester la nouvelle classification des allèles codant pour l'épitope partagé sur des patients caucasoïdes et non-caucasoïdes. RESULTATS : Les résultats de l'étude Microsatellites HLA/PR ont mis en évidence une association significative de l'haplotype HLA-A*02/D6S265*136 avec la susceptibilité à la PR, association indépendante du gène HLA-DRB1. Aucune association n'a été trouvée avec la sévérité de la maladie. Les résultats obtenus par la méta-analyse ont permis de confirmer la pertinence d'une nouvelle classification des allèles HLA-DRB1 codant pour l'épitope, classification qui différencie des allèles de susceptibilité et des allèles associés avec un risque faible de développer la maladie
Genetics of multifactorial diseases raise new methodological challenges because of complex pathophysiological mechanisms, and our technic capability to analyse genomic data. This PhD work aims at highlighting the main methodological features of genetic studies dealing with multifactorial diseases, within the example of rheumatoid arthritis (RA). RA is the most frequent chronic inflammatory rheumatism, and is characterized by synovial joints inflammation and articular destructions. After a review of methodological strategies in genetics of complex diseases, two main questions were addressed. First, a case-control study was performed to search a new susceptibility gene inside the HLA region, and independent from HLA-DRB1. This work also warranted the set up of a new nomenclature of HLA microsatellite markers. Second, a meta-analysis on a worldwide sample of RA patients, caucasoids and non-caucasoids, was conducted to investigate the relevance of the new HLA-DRB1 allele's classification in terms of RA susceptibility. PATIENTS AND METHODS: The first case-control study, with 170 RA patients and 282 healthy controls, tried to identify new genetic markers, associated with susceptibility and / or severity of RA, within the MHC region, using microsatellite markers. Then, a meta-analysis on RA patient's samples from the XIIIth International Histocompatibility Workshop investigated the new SE coding allele's classification on caucasoids and non-caucasoids patients. RESULTS: The study HLA microsatellites/RA highlighted a significant association between HLA-A*02/D6S265*136 and susceptibility to RA, association which is independent from HLA-DRB1 gene effect. No association was found with RA severity. Results from the meta-analysis permit to confirm the relevance of the new SE allele's classification, which differentiates susceptibility and protective alleles

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Molinier, Virginie. "Diversité génétique et aromatique de la truffe de Bourgogne." Thesis, Dijon, 2013. http://www.theses.fr/2013DIJOS021/document.

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Les Truffes sont des champignons ascomycètes ectomycorhiziens appartenant à la famille des Tuberaceae et plus précisément au genre Tuber. On dénombre à ce jour plus d’une trentaine d’espèces de Tuber en Europe. Lors de ce travail de thèse, nous nous sommes plus précisément focalisés sur le modèle Tuber aestivum-uncinatum. Cette truffe communément appelée « Truffe de Bourgogne » présente un intérêt à la fois gastronomique et culturel.La première partie de ce travail de thèse a porté sur la clarification du statut taxonomique de la truffe de Bourgogne (Tuber uncinatum). Pour cela, nous avons utilisé une approche multi-marqueurs combinant des marqueurs génétiques couramment utilisés à l’échelle interspécifique. Nos analyses ont montré que les deux taxons Tuber aestivum (la truffe d’été) et Tuber uncinatum sont conspécifiques. Durant la deuxième partie, nous nous sommes intéressés à la diversité génétique de Tuber aestivum. Pour cela, nous avons tout d’abord développé des marqueurs microsatellites spécifiques par une approche de « direct shotgun pyrosequencing ». Cette méthode a permis le développement de 15 marqueurs microsatellites polymorphes. Nous les avons ensuite utilisés pour génotyper des individus provenant de différentes localisations en Europe. Nous avons pu identifier quatre sous populations différenciées qui ne correspondent pas, pour la majorité, à une répartition géographique. Cependant, un des clusters se différencie des autres à la fois par sa situation géographique (sud de la France) et ses caractéristiques génétiques (présence d’allèles rares). Ces résultats préliminaires pourraient indiquer l’existence d’un écotype particulier attaché à une écologie méridionale, Tuber aestivum sensu stricto.Nous nous sommes ensuite intéressés, dans la troisième partie de ce travail de thèse à la diversité aromatique de Tuber aestivum à l’échelle locale. Les résultats obtenus permettent de mettre en évidence l’existence d’une différenciation modérée entre les individus issus d’une truffière naturelle et les individus issus d’une truffière plantée. D’une saison de récolte à l’autre, une stabilité génotypique a été observée. Au niveau aromatique, seuls les composés C8 semblent être liés aux génotypes.Dans la dernière partie, nous nous sommes intéressés à l’analyse de données de récolte sur plus de trente ans au sein d’une truffière plantée de noisetiers inoculés initialement par Tuber melanosporum. Grâce à des analyses statistiques simples, nous avons pu noter les fluctuations tant en quantité qu’en poids des truffes récoltées suivant les saisons et les arbres truffiers. Il apparait que le remplacement de Tuber melanosporum par Tuber aestivum s’est fait de manière très rapide (trois ans). La disparition de Tuber melanosporum peut probablement être expliquée par la fermeture de la canopée des noisetiers, Tuber melanosporum n’appréciant pas un ombrage excessif
Truffles are ectomycorrhizal Ascomycota fungi belonging to the Tuberaceae family and more specifically to the Tuber genus. More than thirty Tuber species are currently described in Europe. In this thesis, we specifically focused on the Tuber aestivum-uncinatum model. This truffle is commonly called "Burgundy Truffle" and has a gastronomic and cultural interest.The first part of this thesis focused on the taxonomic status of the Burgundy truffle (Tuber uncinatum). For this, we used a multi-marker approach combining several genetic markers commonly used at the interspecific scale. Our analyses showed that the two taxa, Tuber aestivum (summer truffle) and Tuber uncinatum are conspecific.In the second part, we addressed the genetic diversity of Tuber aestivum. To do this, we firstly developed specific microsatellite markers by "direct shotgun pyrosequencing". This method has allowed the development of 15 polymorphic microsatellite markers. Then, we used those markers to genotype individuals from different European locations. We have identified four differentiated subpopulations that not correspond, for the majority, to a geographical distribution. However, one cluster differs from the others by its location (south of France) and its genetic characteristics (presence of rare alleles). These preliminary results may indicate the existence of a particular ecotype attached to a southern ecology: Tuber aestivum sensu stricto.We were then interested, in the third part of this thesis, to the aromatic diversity of Tuber aestivum at a local scale. Our results highlight the existence of a moderate differentiation between individuals from a natural truffle orchard and individuals from planted orchard. From one season to another, genotypic stability was observed. Only C8 volatile organic compounds seem to be related to the genotypes.In the last part, we analyzed harvesting data, over more than thirty years, from an hazelnut truffle orchard initially inoculated by Tuber melanosporum. Through simple statistical analyzes, we noted changes in both quantity and weight of truffles harvested according to the seasons and hazelnut trees. It appears that Tuber aestivum rapidly replaced Tuber melanosporum (in three years). The disappearance of Tuber melanosporum can probably be explained by the canopy closure; Tuber melanosporum not appreciating excessive shading

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Siret, René. "Etude du polymorphisme génétique de la vigne cultivée (vitis vinifera L. ) à l'aide de marqueurs microsatellites : application à la caractérisation des cépages dans les vins." Montpellier 1, 2001. http://www.theses.fr/2001MON13502.

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Devaux, Céline. "Modélisation et estimation de la dispersion efficace du pollen de colza à longue distance, dans un paysage agricole et dans un champ." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112173.

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Dans cette etude, des modeles statistiques de dispersion de pollen de colza ont ete construits pour estimer la pollinisation a longue distance. Cette estimation s'est faite en ajustant des fonctions de dispersion individuelle qui decrivent la probabilite qu'un grain de pollen feconde une plante a une distance donnee, a partir de donnees recoltees dans un bassin de production ( loir-et-cher, 100km² contenant 170 champs). Des plantes male-steriles ont ete placees dans ce bassin pour echantillonner des grains de pollen dont les genotypes ont ete ulterieurement determines grace a des marqueurs microsatellites. L'ajustement des fonctions a ete realise en maximisant la vraisemblance des donnees genetiques sous l'hypothese d'un modele de d'appariement. Les resultat de cette etude ont montre que (1) les nuages polliniques echantillonnes presentent une forte diversite et une forte differenciation, (2) ces nuages proviennent des champs proches mais egalement distants (plusieurs centaines de metres) des sites d'echantillonnage et (3) la moitie de ces nuages provient de sources de pollen dont la position et la nature n'ont pas pu etre determinees precisement. La meilleure fonction de dispersion individuelle (geometrique) ajustee aux donnees de cette etude predit une forte proportion de pollinisation a longue distance, plus forte que les fonctions exponentielles couramment utilisees et plus forte que les fonctions de dispersion precedemment ajustees a l'echelle d'un champ. La fonction ajustee ici a ensuite ete (partiellement) validee en predisant les taux de pollinisation croisee observes dans douze dispositifs canadiens comprenant des champs de plusieurs dizaines d'hectares
This study aimed at building spatially explicit models of oilseed rape pollen dispersal to estimate dispersal kernels and conclude on the proportion of long-distance pollination. These dispersal kernels, that describe the probability of a pollen grain to fertilize a plant at a given distance, were estimated using data collected in a french production area (selommes, loir-et-cher) of 100 km² and containing 170 oilseed rape fields. First male-sterile plants were scattered in the study area to collect pollen grains. Then the genotypes of these pollen grains were retrieved using microsatellite markers. Dispersal kernels were estimated by maximising the likelihood of the genetic data under a mating model adapted to cultivated species. Results of this study showed that (1) sampled pollen clouds were diverse and differentiated, (2) these pollen clouds originated from close and distant fields (several hundred meters) and (3) half of the pollen clouds originated from pollen sources whose position and composition could not be precisely determined. The best-fitted dispersal kernel in this study (geometric) predicts much more long-distance pollination than the exponential functions that are commonly used and than dispersal kernels that were previously fitted within a field. The best-fitted kernel here was then (partially) validated by using it to predict cross-pollination rates observed in twelve canadian sites consisting of commercial fields of several hundred hectares

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Charrier, Olivia. "Histoire biogéographique et système de reproduction de Rhododendron ferrugineum dans les Pyrénées." Thesis, Toulouse, INSA, 2014. http://www.theses.fr/2014ISAT0034/document.

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Les changements globaux récents affectent la physiologie, la distribution et la phénologie des espèces, ainsi que la dynamique des populations et les interactions entre espèces. Les interactions plantes-pollinisateurs sont particulièrement menacées par les changements globaux et la perturbation de ces interactions peut avoir des conséquences importantes sur le système de reproduction des espèces végétales. Dans ce contexte des changements globaux, nous avons déterminé les cortèges de visiteurs de Rhododendron ferrugineum le long de gradients environnementaux et étudié comment la variabilité de leur efficacité affectait le système de reproduction de cette espèce. Nous nous sommes également intéressés à l’histoire biogéographique de cette espèce et comment elle a répondu à des changements passés tels que les dernières glaciations. Nous avons mis en évidence que R. ferrugineum est visité par une large diversité d’espèces d’insectes. L’efficacité des cortèges de visiteurs varie le long de gradients environnementaux mais ne semble pas avoir un impact sur le système de R. ferrugineum. Cette espèce présente un système mixte de reproduction, avec une capacité à l’autofécondation mais les taux élevés de dépression de consanguinité limitent le développement des individus issus d’autofécondation. Cette forte dépression de consanguinité a permis un maintien relativement élevé de la diversité génétique dans les Pyrénées. Un tel niveau de dépression de consanguinité ne permet pas l’évolution de l’autofécondation et maintient ainsi le système mixte de reproduction chez R. ferrugineum. La capacité d’autofécondation de R. ferrugineum pourrait lui permettre de coloniser de nouveaux milieux ou de survivre aux changements globaux. Durant les dernières glaciations, R. ferrugineum a survécu dans de grands refuges de basse altitude ainsi que dans des nunataks (refuges de haute altitude). Quelques populations marginales présentent un taux significatifs de consanguinité (FIS> 0) et des niveaux de diversité génétique particulièrement faibles. Ce patron génétique est consistant avec des évènements de fondation accompagnés de perte de diversité génétique et d’hétérozygotie durant les périodes d’expansion de l’aire de répartition de l’espèce. Ces données suggèrent que la dépression de consanguinité dans ces populations devait être faible et que l’assurance reproductive a joué un rôle fondamental dans l’établissement de ces populations
Recent global changes affect the physiology, distribution and phenology of species, also they impact population dynamic and interactions among species. Plantpollinators interactions are particularly threated by global changes and perturbations of these interactions may lead to important changes in plant mating system. In this context of globalchanges, we determined the pollinator assemblages of Rhododendron ferrugineum and howthe variability of their efficiencies affects the mating system. We also studied thebiogeographic history of R. ferrugineum and how it responds to past climatic changes.We have shown that R. ferrugineum is visited by a large variety of insects. Visitorassemblages efficiency varied along environmental gradients but did not seem to impact themating system of R. ferrugineum. This species presents a mixed mating system, indeed it isable to self-fecundate but high levels of inbreeding depression are limiting the development of self-fecundate descendants. High levels of inbreeding depression maintain high genetic diversity in the Pyrenees. Also, it did not allow the evolution of selfing and maintain a mixed mating system. The ability to self-fecundate may favor the colonization of new habitats.During the last glaciation, R. ferrugineum survived in large lowland refugia and in nunataks at high altitude. Some marginal populations present a high level of selfing (FIS> 0) and low genetic diversity. This genetic pattern is consistent with foundation events and loss of genetic diversity and heterozygosity along colonization rods. Our data suggest that inbreeding depression in these populations should have been low and the reproductive assurance played akey role in the establishment of these populations

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Laliberté, Hugo Yann. "Caractérisation de la variabilité et des distances génétiques des bovins de race Canadienne, Suisse-Brune et Holstein à l'aide du polymorphisme des caséines et de marqueurs microsatellites." Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 1998.

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Aurelle, Didier. "Contacts secondaires naturels et artificiels chez la truite commune (Salmo trutta, L. ) des Pyrénées occidentales françqises : utilisation de marqueurs microsatellites pour la distinction de taxons faiblement différenciés." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20087.

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L'objectif de cette these est l'etude des interactions genetiques entre differentes formes de truite commune (salmo trutta, l. ) dans les pyrenees occidentales francaises. Dans cette region, deux formes de truites sauvages sont presentes et cohabitent avec une forme domestique. Une etude de genetique des populations a ete realisee a l'aide de 6 locus microsatellites. En dehors des parametres genetiques classiques, l'interpretation a fait appel a des techniques d'analyses multivariees (analyse factorielle des correspondances) ou d'assignations individuelles (reseaux de neurones artificiels, methodes probabilistes). Par ailleurs, la variabilite de la region de controle de l'adn mitochondrial a ete etudiee par pcr-sscp puis sequencage. Ces marqueurs ont permis de mettre en evidence une forte structuration genetique entre populations et entre groupes de populations. Des deficits en heterozygotes importants ont ete observes dans certaines populations. Par ailleurs, l'impact des repeuplements a ete estime dans cette zone et indique une situation contrastee, avec des populations tres introgressees et d'autres peu influencees par les repeuplements. L'efficacite et l'interet de ces pratiques sont discutes. Par ailleurs, la sequence des differents haplotypes mitochondriaux a permis de les situer par rapport aux grands types europeens pour une etude phylogeographique. La plupart faisaient partie du groupe atlantique et n'avaient pas ete identifies auparavant. Des hypotheses concernant l'evolution et l'origine des populations de cette region sont proposees.

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Laliberté, Hugo Yann. "Caractérisation de la variabilité et des distances génétiques des bovins de race Canadienne, Suisse-Brune et Holstein à l'aide du polymorphisme des caséines et de marqueurs microsatellites." Mémoire, Université de Sherbrooke, 1998. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4392.

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La race Canadienne est la plus ancienne race bovine de l'Amérique du Nord. Les individus de cette race se sont reproduits entre eux de façon isolée jusqu'à ce qu'on effectue des croisements avec la race Suisse Brune dans les années 70. Dans le but d'évaluer la diversité génétique des races Canadienne, Holstein et Suisse-Brune ainsi que les distances génétiques qui les séparent, le polymorphisme des caséines [alpha]S1, [bêta] et [kappa] ainsi que le polymorphisme de 14 marqueurs microsatellites (ILSTS005, ETH225, INRA35, ETH 152, INRAK, MM12, INRA63, INRA5, HEL1, INRA32, INRA72, HEL5, MM8, INRA16), uniformément distribués dans le génome, ont été caractérisés. Les individus des races Holstein (n = 37), Canadienne (n = 19) et Suisse Brune (n = 23) étaient non apparents jusqu'à la deuxième génération. Le génotypage des caséines a été réalisé en grande partie à l'aide de gel en focalisation isoélectrique. De plus, suite à l'amplification par PCR des séquences microsatellites, des gels de séquençage utilisant une technique de détection par fluorescence ont été utilisés pour le génotypage."--Résumé abrégé par UMI.

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Simard, Frédéric. "Variabilité génétique et flux de gènes chez les moustiques anophèles arabiensis et anophèles gambiae, vecteurs du paludisme en Afrique. Apport des loci microsatellites." Nancy 1, 1999. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1999_0147_SIMARD.pdf.

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Bien connaitre les systèmes vectoriels responsables de la transmission de pathologies humaines est d'une importance primordiale pour mieux comprendre l'épidémiologie de la maladie et en optimiser les moyens de contrôle. Dans ce but, nous avons étudié la génétique des populations d'anophèles arabiensis et dans une moindre mesure d'anophèles gambiae, deux espèces jumelles de moustiques responsables de la plus grande part de la transmission du paludisme en Afrique. L'outil moléculaire préconisé a été l'utilisation de marqueurs microsatellites récemment isoles chez an. Gambiae. Neuf loci polymorphes ont été sélectionnés. L'analyse de la répartition de la variabilité génétique entre et au sein des populations naturelles d'an. Arabiensis a été conduite (I) dans l'espace et (II) dans le temps. Une forte différenciation génétique a été révélée entre populations prélevées au Sénégal, à Madagascar et sur deux iles de l'archipel des Mascareignes, la réunion et l'ile Maurice, mettant en exergue le rôle majeur de facteurs historiques souvent anthropiques (colonisation, campagnes de lutte anti vectorielle) et des composantes géographiques (barrières à la dispersion) sur la structuration des populations. Au Sénégal, les populations apparaissent peu différenciées géographiquement. De plus, la composition allelique est très stable dans le temps, en dépit des fortes fluctuations saisonnières en densité observées dans les zones sahéliennes. Chez an. Gambiae, une très faible différenciation génétique a été révélée entre les cytotypes Mopti et savane collectés dans une zone de sympatrie en cote d'ivoire, alors que l'isolement reproductif semble important. Le caractère informatif des loci microsatellites et la pertinence des informations qu'ils procurent pour l'étude de la structure génétique des populations au sein de ce systeme vectoriel sont discutés. Une attention particulière est portée sur les implications de ces résultats dans le domaine de la lutte anti vectorielle.

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Baudry, Emmanuelle. "Cartographie genetique du genome de l'abeille domestique (apis mellifera l. ) a l'aide de marqueurs microsatellites, recherche de locus controlant la variation de caracteres quantitatifs et localisation de centromeres." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA112307.

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Collin-Chavagnac, Delphine. "Carcinomes urothéliaux de la vessie : apport de l’analyse dans les cellules du culot urinaire de huit marqueurs microsatellites et de l’hyperméthylation de promoteurs de cinq gènes suppresseurs de tumeur." Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10307.

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Sur la seule base de critères cliniques et anatomopathologiques, l’évolution des tumeurs superficielles de la vessie (TSV) est imprévisible. Aucun marqueur ne permet, à ce jour, l’identification des tumeurs à fort potentiel de récidive et d’évolution vers des formes agressives. Dans une première partie, nous avons étudié, chez 127 patients, le polymorphisme des microsatellites dans les cellules urinaires pour la mise en évidence de pertes d'hétérozygotie (LOH, Loss Of Heterozygosity) et 2- en tant que marqueur de suivi. Les résultats ont été comparés à la cytologie urinaire : la sensibilité des LOH est nettement supérieure à celle de la cytologie dans les TSV. La présence de LOH au niveau de TP53 et des marqueurs du chromosome 9p est associée à un risque accru de récidive. Parmi les patients ayant récidivé, l’étude des LOH était positive dans 78% des prélèvements urinaires. Dans 20% des cas, les LOH se sont positivées avant la récidive visible à la cystoscopie. Dans une deuxième partie, nous avons développé une technique urinaire quantitative rapide pour l’étude des profils de méthylation de promoteur de 5 gènes suppresseurs de tumeur. Les résultats prometteurs (sensibilité=62%) de la qPCR-HRM sont corrélés à la technique de référence et pourraient être améliorés en élargissant le panel de gènes étudiés. L’analyse des altérations génétiques et épigénétiques améliore la compréhension des mécanismes de la carcinogenèse dans les carcinomes urothéliaux. Ces altérations pourraient être utilisées comme marqueurs diagnostiques et pronostiques. La biologie moléculaire pourrait trouver toute sa place dans la prise en charge de cette pathologie
On the basis of clinical and pathological criteria, the evolution of superficial bladder tumours (SBT) is unpredictable. Currently, no marker exists permitting the identification of tumours with high potential for recurrence and progression to more aggressive forms. Firstly, we looked for loss of heterozygosity (LOH) at microsatellite polymorphisms in the bladder cells of 127 patients, with the aim of identifying a marker potentially useful in 1) diagnosis and prognosis and 2) the monitoring of patients following trans-urethral resection. Compared to urine cytology, the sensitivity of LOH detection was significantly higher for SBT. The presence of LOH at TP53 and markers of chromosome 9p was associated with an increased risk of recurrence. Among the patients who relapsed, results of LOH analysis were positive in 78% of urine samples, 20% of which were positive before the relapse was detected by cystoscopy. Secondly, we developed a technique for the rapid and quantitative urinary analysis of patterns of promoter methylation of 5 tumour suppressor genes. The promising results (sensitivity of 62%) of the qPCR-HRM correlate well with the gold standard and could be improved by expanding the panel of genes studied. Analysis of genetic and epigenetic alterations improves the understanding of mechanisms of carcinogenesis in urothelial carcinomas. These alterations could be used as diagnostic and prognostic markers. Molecular biology could therefore prove useful in the management of this pathology

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Estoup, Arnaud. "Apport des marqueurs microsatellites pour l'etude de la variabilite genetique chez deux insectes sociaux, l'abeille domestique (apis mellifera l. ) et le bourdon (bombus terrestris latreille) : de la colonie a l'espece." Paris 11, 1995. http://www.theses.fr/1995PA112032.

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Une centaine de microsatellites du type (ct)#n et (gt)#n a ete isolee chez l'abeille domestique apis mellifera l. Et le bourdon bombus terrestris latreille. Leurs caracteristiques quantitatives et qualitatives sont similaires a celles mises en evidence chez de nombreux vertebres. Homoplasie de taille et modalites evolutives ont ete etudies par analyses moleculaires et iterations numeriques sur la categorie des microsatellites interrompus. Ces marqueurs ne semblent pas varier selon un modele smm a pas simple et montrent des deviations vers le modele iam, tout au moins vers un modele intermediaire du type kam. La prise en compte des caracteristiques stucturales des microsatellites semble necessaire pour mieux comprendre leurs modalites evolutives. Les microsatellites ont permis une dissection precise de la variabilite genetique des colonies d'abeilles et de bourdons. Sept a vingt lignees paternelles coexistent au sein d'une colonie d'abeille domestique et une seule chez les bourdons, a l'exception de b. Hypnorum chez qui certaines colonies sont polyandres. Chez l'abeille, les differents peres ne contribuent pas de maniere egale a la descendance mais la structure genetique de la colonie est conservee au cours du temps. Les ouvrieres des differentes fratries ont montre une propension inegale a essaimer, tandis que les larves destinees a etre elevees comme reine semblent etre choisies au hasard par les ouvrieres. Aucune differenciation genetique significative n'a ete mise en evidence entre les populations de b. Terrestris a l'echelle du continent europeen. Seules les populations insulaires mediterraneennes et atlantiques ont montre une forte differentiation genetique. Chez a. Mellifera, les analyses par microsatellites ont clairement confirme l'existence et la composition de trois rameaux evolutifs majeurs et montre une variabilite genetique significativement superieure dans les populations africaines par rapport aux populations europeennes. Les analyses phylogenetiques realisees a partir des genotypes individuels ont montre une bonne resolution pour les deux niveaux extremes: rameaux evolutifs et fratries

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Laliberté, Hugo Yann. "Caractérisation de la variabilité et des distances génétiques des bovins de race Canadienne, Suisse-Brune et Holstein à l'aide du polymorphisme des caséines et des marqueures microsatellites." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape10/PQDD_0001/MQ40599.pdf.

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Zhang, Liyi. "Etude de la portabilité de marqueurs microsatellites issus d'EST de blé tendre (T. aestivum) ou de riz (O. sativa) vers des espèces apparentées et évaluation de leur intérêt pour la structuration des ressources génétiques chez les graminées." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00689788.

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Le premier objetif de cette thèse a été de développer de nouveaux marqueurs moléculaires utilisables sur le blé et transférables vers un nombre important d'espèces cultivées ou sauvages de graminées. Nous avons observé une portabilité des EST-SSR excellente pour les sous-espèces de blé qui diminue avec l'éloignement phylogénétique pour atteindre encore près de 30% avec le riz. Le deuxième objectif de cette thèse était d'exploiter les EST-SSR montrant une bonne portabilité pour valider leur capacité dans le cadre d'analyses phylogénétiques chez les Triticés et les graminées. Les résultats confirment que les espèces T. monococcum ssp urartu, Ae. speltoides et Ae tauschii sont respectivement apparentées aux donneurs des génomes A, B et D du blé tendre. Nous pouvons donc conclure que les EST-SSR sont des marqueurs intéressants et puissants pour étudier les espèces sauvages orphelines et pour faire des analyses phylogénétiques chez les graminées

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Alfonsi, Eric. "Le marsouin commun et le phoque gris en mer d'Iroise et le long de la façade Atlantique française : génétique des populations et modifications de l'écosystème." Thesis, Brest, 2013. http://www.theses.fr/2013BRES0073/document.

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Les mammifères marins sont des espèces clés des écosystèmes. Ils subissent un nombre important de modifications de leur milieu qui nécessitent la mise en place de stratégie de conservation. Pour cela la connaissance de la structure des populations est primordiale. Une étude de génétique des populations a été menée sur deux espèces emblématiques de la mer d'Iroise. Pour le marsouin commun, espèce connaissant un retour le long des côtes françaises, nos travaux montrent, de manière inattendue, que ce retour est le résultat de deux déplacements différents et qu'il y a une hybridation entre les individus issus de la population de la péninsule Ibérique et ceux du Nord de l'Europe. Ces déplacements sont certainement liés à des modifications de la disponibilité des proies suite à des changements du milieu. Pour le phoque gris, nos résultats montrent une grande richesse génétique, avec une structure ancestrale pour la région de contrôle mitochondriale et une panmixie pour les loci microsatellites, indiquant la présence d'une population à l'échelle du plateau celtique. Une différenciation est observée entre les années d'échouages paires et impaires ainsi qu'une signature génétique potentielle d'individu issus d'une autre population. Enfin nous avons mené une étude pilote pour un observatoire de la biodiversité génétique des mammifères marins par la technique de code barres ADN. Cette étude montre que cet observatoire serait une manière innovante et pertinente pour suivre la biologie des mammifères marins. L'ensemble de nos résultats permettent de mieux comprendre les modifications de l'écosystème et sont un support à la mise en place de stratégie de conservation
Marine mammals are key species of ecosystems. They undergo numerous environment modifications which require conservation plans. For that, the knowledge about population structure is primary. Studies of population genetic were led about two flagship species of the Iroise Sea. For the harbour porpoise, a specie who know a return along french coasts, our works unexpectedly show this return is the result of two movements and an hybridization between individuals of the Iberia population and those of North Europe population. These movements are, probably, linked to modifications of prey's availability caused by environment changes. For the grey seal, our works show a great genetic richness, with an ancestral structure for the mitochondrial control region and a panmixia for the microsatellites loci, which are signs of a population at the scale of Celtic Shelf. A differentiation was observed between the stranding years even and odd and a possible genetic signal of individuals from another population. Finally we led a pilot study for marine mammal genetic biodiversity observatory with the DNA barcoding technique. This study shows this observatory may be a relevant and innovative means to follow the marine mammal biology. All our results bring new information about ecosystem variations and are a help for the establishment of conservation strategy

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Boucher, Annie Christine. "Caractérisation de la structure génétique des populations québécoises du nématode doré (Globodera rostochiensis) et développement d'exsudats racinaires de pomme de terre." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2013. http://hdl.handle.net/11143/6572.

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Les problèmes phytosanitaires causés par les nématodes ont un impact mondial énorme au niveau économique, car ils s'attaquent aussi bien aux grandes cultures qu'aux cultures maraîchères, florales ou fruitières. Spécialiste de la culture de la pomme de terre, le nématode doré (Globodera rostochiensis) est un phytoparasite de quarantaine reconnu internationalement. Originaire d'Amérique du Sud et probablement introduit en Europe dans les années 1850, plusieurs hypothèses stipulent qu'il aurait été propagé par la suite à travers le monde à partir de ce deuxième centre d'exportation. Il a été découvert récemment au Québec en 2006 dans la région de St-Amable et dans quatre zones satellites. Ces sites infestés sont maintenant régis par de strictes réglementations de quarantaine afin d'éviter d'éventuelles introductions. Vu leur récente découverte au Québec, les nouvelles populations du nématode doré n'ont été le sujet que de très peu d'études génétiques. En conséquence, un manque de connaissances subsiste sur la structure et la diversité génétique de ces populations. Les marqueurs microsatellites ont déjà servi à déterminer la diversité et les liens génétiques entre diverses populations chez une autre espèce de nématode très proche génétiquement, le nématode à kyste pâle. Mes travaux de recherche visaient donc principalement à développer de nouveaux marqueurs microsatellites chez le nématode doré afin de génotyper diverses populations mondiales et de caractériser des liens génétiques entre elles. Douze nouveaux marqueurs microsatellites ont donc été développés afin de répondre à ces objectifs. Ils ont été employés pour le génotypage de quinze populations d'origines diverses, dont deux en provenance du Québec. À l'intérieur des populations, la plus grande diversité génétique a logiquement été observée chez les populations boliviennes, la région d'origine du nématode doré. Les deux populations québécoises se sont avérées très similaires entre elles, mais, de façon très surprenante, étaient sensiblement différentes à trois autres populations nord-américaines, celles de New York et de Colombie-Britannique. Elles se sont en fait révélées génétiquement plus proches de la population de Terre-Neuve et des populations européennes, et plus particulièrement d'une population écossaise. Selon les résultats, un minimum de deux introductions de nématode doré d'origines différentes aurait eu lieu en Amérique du Nord. Les nématodes à kyste de la pomme de terre éclosent suite à des stimulus contenus dans 1'exsudat racinaire de la plante hôte. Le deuxième objectif de mon étude était de standardiser la récolte et la conservation d'exsudat racinaire de pomme de terre pour des tests d'éclosion en laboratoire. Une dégradation de la qualité de l'exsudat racinaire a été détectée suite à sa conservation. Puisque celle-ci a été discernée à partir d'un mois chez l'un des deux réplicats, il est conseillé d'utiliser un exsudat récolté frais pour des tests d'éclosion en laboratoire. L'évaluation et la compréhension des liens génétiques unissant les populations mondiales du nématode doré permettent de mieux comprendre sa dispersion et d'éviter, dans le futur, de nouvelles introductions. Également, ces connaissances peuvent être appliquées dans les modes de contrôle de cette espèce en choisissant des méthodes de lutte adaptées aux populations. L'étude de la récolte et de la conservation d'exsudat racinaire permettra également dans de futures études d'obtenir des résultats plus fiables en ayant un exsudat standardisé.

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Masson, Séverine. "Continuité écologique et conservation de la diversité génétique et écotype d’un grand migrateur (Salmo trutta L.)." Thesis, Pau, 2016. http://www.theses.fr/2016PAUU3031/document.

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La dispersion, caractérisée par les mouvements d’individus dans l’espace et dans le temps, conduit à la production d’un flux de gènes et permet la connectivité des populations. Comprendre les facteurs qui façonnent les flux de gènes et la structuration des populations est d’une importance capitale pour améliorer les pratiques de gestion et de conservation des espèces. Celles caractérisées par une anadromie facultative, telles que la truite commune (Salmo trutta L.), sont des modèles de choix pour étudier le rôle de la diversité écotypique et comportementale, sous l’effet des activités anthropiques, sur le fonctionnement des populations. En utilisant la génétique des populations cette thèse se propose donc d’analyser la structuration des populations de la truite commune dans le fond du Golfe de Gascogne mais également de déterminer l’influence combinée de la dispersion de la truite de mer, de son comportement reproducteur et des activités anthropiques (repeuplements, transport de reproducteur) sur leur fonctionnement. Cette thèse aborde également la contribution des populations de truites communes (via leur origine natale) au stock de truites de mer capturées par la pêche professionnelle, sur le même site d’étude, en couplant de la génétique des populations et de la microchimie des otolithes. Nos résultats montrent une structuration génétique forte des populations de truite commune avec la présence de sept populations distinctes dans le bassin de l’Adour. Ceci semble être en partie expliqué par un comportement marqué de fidélité au site de naissance des truites de mer, couplé à un mouvement directionnel de celles-ci du sud (Espagne) vers le nord qui ne semble pas résulter en une dispersion effective (i.e. mouvement suivi d’une reproduction). En outre, les repeuplements récents, semblent impacter faiblement la structuration génétique des populations sauvages. Certains flux de gènes détectés localement semblent être dus à d’autres activités anthropiques, telles que le transport de reproducteurs. Les truites de mer capturées par la pêche professionnelle proviennent majoritairement de la population du gave d’Oloron et peu des populations des Nives et du Gave de Pau. La raison pourrait se trouver en premier lieu dans le fait que le Gave de Pau est fortement impacté par la présence de barrières à la migration et en second lieu dans les différences phénotypiques (taille plus petite) présentées par les truites de mer des Nives, par rapport à celle des gaves. Ceci suggère donc une différenciation de cette population et peut expliquer que la pêche professionnelle les capture dans une moindre proportion. Cette thèse a d’autre part pu démontrer les difficultés dans l’assignation d’une origine natale via la génétique lorsque les signatures génétiques sont relativement proches. Elle confirme l’utilité d’un couplage génétique des populations - microchimie des otolithes pour assigner des individus à leur origine natale à une échelle plus fine que le bassin. Les résultats obtenus au cours des trois années de thèse ont permis la détermination de populations génétiquement distinctes dont l’une contribue très largement à l’activité de pêche professionnelle. Ces populations peuvent être considérées comme de potentielles unités de gestion qui pourront servir de base à l‘élaboration de plans de gestion et de conservation. La meilleure compréhension de la biologie et du fonctionnement de la truite commune, et de l’impact des activités anthropiques sur la structuration des populations, acquise lors de cette thèse, pourra également permettre d’améliorer la prise de décisions des gestionnaires locaux pour la conservation et la gestion des populations de truites communes
Dispersal, characterized by the movements of individuals in space and time leading to gene flows, allows populations to connect. Understanding factors shaping gene flow and population structure is vital to improve management and conservation practices of species. Those characterized by a partial anadromy, such as brown trout (Salmo trutta L.), are models of choice to study the role of ecotypic and behavioral diversity, under anthropic activities on population functioning. By using population genetics, this theses proposes to analyse population structure of brown trout in the Bay of Biscay, but also to determine the combined influence of sea trout dispersal, its reproductive behavior, and anthropic activities (stocking, transport of spawners) on their functioning. This thesis also addresses the contribution of brown trout populations (natal origin) on sea trout stock captured by professional fisheries, on the same study site, by coupling population genetics and otolith microchemistry. Results show a strong hierarchical structure of Brown trout population with seven distinct population detected in Adour basin. This seems to be explained a high site fidelity movement of sea trout together with a directional movement of sea trout from South (Spain) to North. This directional movement did not result into effective dispersal (i.e. movement followed by reproduction). Furthermore, a limited contemporary impact of stocking on genetic structure of wild population is observed. A few cases of inter-population gene flow detected seems to be explained by wild population management, particularly transport of spawners. The majority of sea trout captured by professional fisheries come from Gave d’Oloron and few from Nives and Gave de Pau. The reason is that Gave de Pau is impacted by migration barriers. And also that sea trout from Nives have phenotypic differences (smaller length) from sea trout originated from gaves. This suggest a differentiation of this population and can explained that professional fisheries capture them in smaller proportion.On the other hand, this thesis have been shown the difficulties to assign natal origin by using genetics when population are closed genetically. This confirm the usefulness to coupling population genetics and otolith microchemistry together to assign individuals to their natal origin at a finer scale than basin.Results obtained during these three years of thesis have made it possible the determination of distinct populations one of which contribute in majority of professional fisheries activities. These populations can be considered like potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans. The better understanding of brown trout biology and functioning, and the impact of anthropic activities on population structure, obtained in this thesis, can also improve the decision-making of local managers for brown trout population conservation and management

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GUYOMARCIH, HELENE. "Developpement de marqueurs microsatellites a partir de triticum tauschii. Application a l'evolution des genomes du genre triticum et a la recherche de qtl de qualite technologique en panification chez le ble tendre (triticum aestivum l. )." Clermont-Ferrand 2, 2000. http://www.theses.fr/2000CLF22243.

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Une meilleure comprehension du determinisme de la qualite en panification doit permettre la creation de varietes de ble tendre de haute valeur en panification. La population d'etude est issue d'un croisement entre le ble panifiable superieur courtot et chinese spring. La recherche de qtl d'aptitude technologique a necessite (i) l'evaluation indirecte de la qualite en panification a l'aide de la mesure de la durete, du taux de proteines totales du grain et de parametres issus des tests : sds, alveographe et mixographe (ii) une carte genetique saturee en marqueurs. Du fait de son faible niveau de polymorphisme, le genome d du ble tendre est deficitaire en marqueurs. Pour obtenir une meilleure couverture de ce genome l'isolement de marqueurs microsatellites a partir de t. Tauschii a ete realise. 293 couples d'amorces ont ete isoles a partir d'une banque enrichie en microsatellites. L'evaluation du polymorphisme sur 7 varietes de ble tendre a permis de conclure a une tres bonne portabilite des marqueurs vers le ble hexaploide et d'identifier 84 couples d'amorces revelant du polymorphisme entre courtot et chinese spring. 100 locus ont ete cartographies. Pour chaque couple d'amorce au moins une bande a ete cartographiee sur le genome d, ce qui a permis d'augmenter la couverture de ce genome au niveau de ceux du a et b. Les microsatellites dinucleotidiques sont les plus polymorphe. L'analyse des locus microsatellites sur des especes diploides porteuses des genomes a et b montre que les locus semblent presents et que la specificite d'amplification serait due a des mutations ponctuelles dans les regions d'amorcage. Les microsatellites developpes ont montre la plus grande diversite genetique du genome d des bles synthetiques en comparaison de celui des bles tendres cultives. Enfin, la recherche de qtl a montre l'implication du groupe 1 et des chromosomes 3b, 4d, 5d, 6a et 7b dans la qualite en panification.

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Flahauw, Emilie. "Caractérisation génétique de l'effort reproducteur de l'huitre creuse, Crassostrea gigas, dans le cadre des mortalités estivales de juvéniles : approche QTL." Thesis, La Rochelle, 2013. http://www.theses.fr/2013LAROS406/document.

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L’huître creuse, Crassostrea gigas, est une espèce dont la production aquacole représente un intérêt économique tant au niveau mondial qu’aux niveaux européen et français. Cependant, cette espèce subit des mortalités estivales enregistrées dès le début du 20ème siècle et, depuis 2008, ce phénomène s’est amplifié et menace essentiellement les huîtres juvéniles. La production aquacole d’huître creuse subit les conséquences de ces mortalités massives ; c’est pourquoi ce phénomène est étudié depuis de nombreuses années. En France, la bactérie Vibrio splendidus et le virus Ostreid Herpes Virus 1 (OsHV-1) sont le plus souvent associés aux épisodes de mortalités massives d’huîtres creuses juvéniles et il a été démontré que les individus sélectionnés pour leur résistance aux mortalités estivales étaient capables de ralentir l’augmentation de la charge virale en OsHV-1 dans leurs tissus puis de la faire régresser. Ces mêmes individus présenteraient également un effort reproducteur plus modeste que des individus sélectionnés pour leur sensibilité aux mortalités estivales. Ce travail de thèse s’inscrit dans ce contexte et a donc eu pour principal objectif d’améliorer la connaissance de l’architecture génétique de la reproduction de C. gigas en identifiant des régions du génome ou QTLs (Quantitative Trait Loci) impliquées dans l’effort reproducteur et de mettre en évidence d’éventuelles relations génétiques entre survie et reproduction, des QTLs impliqués dans la survie ayant déjà été détectés. Afin de caractériser l’effort reproducteur, il a été nécessaire de développer un ensemble de nouveaux outils. D’un point de vue biologique, 21 familles F2 ont été produites à partir des lignées sélectionnées pour leur réponse contrastée aux mortalités estivales. D’un point de vue moléculaire, de nouveaux marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) ont été développés afin d’augmenter la densité de la carte génétique déjà disponible pour C. gigas. D’un point de vue technique, l’Imagerie par Résonance Magnétique (IRM) a permis d’observer la gamétogenèse de 300 individus d’une même famille F2 au cours de huit sessions réparties sur deux années alors que les études précédentes étaient limitées à une observation ponctuelle; les méthodes classiques d’observation de la gamétogenèse entrainant nécessairement la mort des animaux. Une forte corrélation a été mise en évidence entre les observations par IRM et par la méthode classique de l’histologie. En plus de l’estimation du rapport gonado-somatique (indice traditionnellement utilisé pour caractériser l’effort reproducteur), l’IRM a également permis d’observer des variations individuelles de la cinétique de la gamétogenèse ainsi que des différences entre les mâles et les femelles; le sexe étant identifiable sur les images obtenues par IRM. Parallèlement, 300 individus de deux autres familles F2 ont été sacrifiés pour estimer le rapport gonado-somatique par histologie. Cette approche a ainsi permis de détecter des QTLs impliqués dans de nombreux traits concernant la gamétogenèse. Des individus provenant des trois familles F2 caractérisés pour l’effort reproducteur ont été caractérisés pour la survie à un épisode de mortalités estivales. Cette étude a permis de détecter des QTLs impliqués dans le caractère « survie ». Ces QTLs correspondent, pour certains, à ceux détectés au cours d’une étude précédente. De plus, ces QTLs sont parfois colocalisés avec des QTLs impliqués dans l’effort reproducteur. Bien que la reproduction de l’huître creuse soit un caractère complexe à suivre, les nouveaux outils utilisés au cours de ce travail de thèse ont permis d’acquérir de nouvelles connaissances. Le séquençage du génome complet de Crassostrea gigas ainsi que les nouvelles méthodes de séquençage pourront peut-être permettre d’affiner les régions QTLs détectées
The Pacific oyster, Crassostrea gigas, is a major aquacultured species whose production represents an economic interest at worldwide, european and french levels. However, this species undergoes summer mortalities recorded from the beginning of the 20th century and, since 2008, this phenomenon increased and threatens mainly juvenile oysters. Aquaculture production of oysters suffers consequences of mass mortalities, that’s why this phenomenon has been studied for many years. In France, the bacterium Vibrio splendidus and the Ostreid virus Herpes Virus 1 (OsHV-1) are often associated with mass mortality outbreaks of juveniles oysters and it was demonstrated that selected individuals for resistance to summer mortality were able to slow the increasing in viral load OsHV-1 in their tissues and then to decline it. These same individuals also present a lighter reproductive effort than individuals selected for their sensitivity to summer mortality. In this context, this study aimed to improve the knowledge of genetic architecture of reproduction of C. gigas by identifying some regions of the genome called QTLs (Quantitative Trait Loci) involved in reproductive effort and highlighting possible genetic relationships between reproduction and survival; QTLs involved in survival being already detected. To characterize the reproductive effort, it was necessary to develop a set of new tools. From a biological point of view, 21 F2 families were produced from lines selected for their contrasting response to summer mortality. From a molecular point of view, new SNPs (Single NucleotidePolymorphism) were developed to increase density of the genetic map already available for C. gigas. On a technical point of view, Magnetic Resonance Imaging (MRI) allowed to observe the gametogenesis of 300 individuals of the same family F2 during eight sessions over two years while previous studies were limited to a one-time observation because of the conventional methods of observation of gametogenesis leading necessarily to the death of the animals. A strong correlation was found between observations by MRI and observations by the conventional method of histology. In addition to the estimation of gonadic index (index traditionally used to characterize there productive effort), MRI also revealed individual variations in kinetics of gametogenesis and differences between males and females, the sex being identifiable on MRI images. In parallel, 300 individuals from two F2 families were sacrificed to estimate the gonadic index by histology. This approach enabled the detection of QTLs involved in many gametogenesis traits. Individuals from the three families characterized for F2 reproductive effort were characterized for survival during a summer mortality outbreak. This study was able to detect QTLs involved in the trait "survival". These QTLs correspond to some of those detected in a previous study. In addition, these QTLs are often collocated with QTLs involved in reproductive effort. Although there production of the Pacific oyster is a complex trait to follow, the new tools used in this thesis allowed acquiring new knowledges. The sequencing of genome of Crassostrea gigas and Next-Generation Sequencing technologies may be able to help to refine the detected QTL regions

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Naino, Jika Abdel Kader. "Flux de gènes et évolution des ressources génétiques du mil (Pennisetum glaucum) dans le Bassin du Lac Tchad : rôle de la diversité socio-culturelle." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS180/document.

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La résilience des agricultures subsahariennes face aux perturbations environnementales et socio-économiques repose en partie sur le maintien des diversités spécifique, variétale et génétique présentes au sein des agrosystèmes, mais aussi sur la préservation du droit pour les cultivateurs de reproduire et d'échanger librement les semences et les savoirs relatifs aux variétés. Pourtant, peu de données sont réellement disponibles sur la circulation effective des semences et les mécanismes modulant les flux de gènes et les introgressions génétiques entre variétés cultivées dans les agrosystèmes sahéliens. Chez le mil en particulier, il n’existe que des données très parcellaires sur les relations entre la diversité de la plante d’une part et la diversité socio-culturelle des agriculteurs d'autre part. Dans la première partie je me suis intéressé aux interactions entre l’organisation en groupes socio-culturels des agriculteurs et la structure génétique des populations de mil dans le bassin du lac Tchad. Les analyses de la diversité génétique suggèrent l’existence d’une barrière sociale à la diffusion des gènes sur l’ensemble de cette région. Néanmoins ces barrières ne sont pas suffisantes pour empêcher les introgressions génétiques entre populations cultivées par des agriculteurs appartenant à des groupes ethnolinguistiques différents. Dans le deuxième chapitre, je me suis intéressé au rôle des processus d’adaptation locale sur la circulation des gènes. Les résultats m’ont conduit à proposer l’hypothèse selon laquelle les flux de gènes entre types nommés précoces et tardifs sont plus importants dans les régions du nord où la pluviométrie est faible. Enfin dans le troisième chapitre j’ai quantifié la diversité biochimique des grains de mil de plusieurs variétés de mil, dont les usages culinaires varient selon les groupes ethnolinguistiques ou dont les qualités gustatives sont appréciées différemment. J’ai utilisé pour cela une approche combinée de protéomique et de métabolique. Parmi les 1072 spots protéiques quantifiés seulement 7 permettent de distinguer les types nommés photopériodiques des types nommés non ou peu photopériodiques. Les données de métabolomique suggèrent la présence de champignons, qui pourraient être des endophytes, dans certains des échantillons analysés
The resilience of sub-Saharan farming systems to environmental and socioeconomic disturbances is partly based on the maintenance of agro-biodiversity, but also on preserving the right for farmers to reproduce and freely exchange seeds and related knowledge. However, few data are actually available on effective seed flow and on mechanisms modulating gene flow and genetic introgression between landraces grown in Sahelian farming systems. For pearl millet especially, there are only very few data on the relationship between diversity of this crop on the one hand and the socio-cultural diversity of farmers on the other hand. In the first part of my thesis, I was interested in assessing a potential relationship between ethnolinguistic diversity and population genetic structure of pearl millet in the Lake Chad Basin. Analysis of molecular polymorphisms suggests the existence of social barrier to seed flow among ethnolinguistic groups. However, these barriers are not sufficient to prevent genetic introgression between pearl millet populations cultivated by farmers belonging to different ethno-linguistic groups. In the second chapter, I focused on the role of local adaptation on gene flow. The results led me to propose the hypothesis that gene flow between early and late landraces are higher in the northern regions where rainfall is weak. Finally in the third part, I have quantified the biochemical compound of pearl millet seeds belonging to different varieties that show different uses or culinary preferences among farmers belonging to different ethnolingiuistic groups. I used a combined approach of proteomics and metabolics. Among the 1072 protein spots quantified only 7 distinguish the very photoperiodic non photoperiodic landrace. Metabolomics data suggest the presence of fungi, possibly endophytes, in some of the samples analyzed

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Ndiade, Bourobou Dyana. "Dynamique spatiale et temporelle de la diversité génétique d’une espèce rare en Afrique Centrale : baillonella toxisperma Pierre (le Moabi)." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20045/document.

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Si les patrons d'expression de la diversité génétique des essences forestières à distribution grégaire des forêts tropicales humides ont fait l'objet de nombreuses études, les connaissances sur les essences forestières disséminées et représentées à très faible densité à l'hectare (dites rares) restent encore embryonnaires. Ces dernières suivent elles les mêmes patrons de distribution de la diversité génétique? Quels facteurs biotiques et abiotiques régissent l'organisation spatiale et l'évolution de la diversité génétique chez ce type d'espèce ? Afin d'améliorer les connaissances sur la biologie des espèces rares, nous nous proposons au travers de marqueurs microsatellites nucléaires(nuc) et chloroplastiques(cp) (i) d'analyser le régime de reproduction chez une espèce rare (ii) d'évaluer sa capacité de dispersion des gènes via les graines et le pollen , et enfin de(iii) décrire l'organisation spatiale de la diversité génétique à fine et à large échelle. Nous avons abordé ces questions avec Baillonella toxisperma (le Moabi), une essence commerciale dite rare (1 adulte/15ha à 20 ha), à multi- usages, représentée à travers les différentes écozones du bassin du Congo. Trois résultats majeurs découlent de nos travaux : (i) En dépit d'un isolement prononcé des adultes, B. toxisperma présente un régime de reproduction allogame prépondérant (tm ≈ 98%) avec des taux réduits d'autofécondation (1 - tm < 3%) probablement favorisé par la protandrie. (ii) Comme attendu dans le cas d'arbres disséminés, l'intensité de sa structure génétique spatiale à fine échelle est faible (Spnuc = 0.003 ; Spcp = 0.015) et reflète bien les flux de gènes à longues distances mesurés via le pollen [σp = 9.8 km à 10.8 km] et les graines [σs = 4.0 km à 6.3 km], probablement dû aux disperseurs efficaces que sont la chauve-souris, l'éléphant et l'homme. A large échelle spatiale, un signal phylogéographique a été détecté entre les individus situés de part et d'autre de l'équateur thermique, notamment entre ceux du massif forestier Camerounais et du Gabon (Rst = 0.313 > Rstp = 0.115, P < 0.001). Deux sous-groupes du massif forestier gabonais qui séparent les individus des forêts côtières de l'Ouest, de ceux des forêts planitaires de l'intérieur des terre, à l'Est, ont également été détectés, et présentent une différenciation génétique modérée (FST = 0.068, P < 0.001). La divergence génétique entre ces trois groupes pourrait s'expliquer par un isolement géographique qui remonterait aux perturbations climatiques du pléistocène et de l'Holocène sur la forêt tropicale humide africaine, et qui serait encore aujourd'hui maintenu par un isolement dans la reproduction du fait d'un asynchronisme dans la période de floraison entre leurs individus. La mise en évidence de ces trois groupes génétiques suggère une répartition biogéographique de B. toxisperma dans le bassin du Congo en partie façonnée par le climat actuel et passé. Nos conclusions peuvent servir d'outils d'aide à la décision pour les programmes de conservation et d'aménagement durable de la biodiversité en Afrique centrale
If genetic diversity patterns of gregarious rainforest forest trees are well known, few knowledges are available about low density tree species. Does those last one follow the same genetic distribution pattern? Which biotic and abiotic factors underline the spatial structure and evolution of the genetic diversity of such species? In order to improve the knowledge of the biology of such species, we have propose through nuclear microsatellite(nuc) and chlorosplastic (cp) markers to (i) analyse the reproductive system of a low density tree species, (ii) assess its dispersal capacity through seeds and pollen, and finally to (iii) describe the spatial genetic structure at a fine and large scale. We have addressed those questions with Baillonella toxisperma Pierre (commonly named Moabi), a commercial tree of many uses, known to be rare (1 ind/15ha à 20 ha) and distributed through different ecologicals areas of Congo basin. Three main results rise from our study: (i) Despite a strong isolation of the adults, B. toxisperma has a dominant allogamous reproductive system (tm ≈ 98%) with a reduce rate of self-pollination (1- tm< 3%) which is probably due to occurrence of protandry. (ii) As expected in the case of low density trees, the spatial statistic (Sp) of the fine spatial genetic structure is very low [Spnuc = 0.003 ; Spcp = 0.015]. Those reflected a very high gene flow mediated through pollen [σp = 9.8 km à 10.8 km] and seeds [σs = 4.0 km à 6.3 km], that probably mediated by efficient dispersal vectors like bats, human and elephant. At a large scale, a phylogenetic signal has been detected between individuals located in both side of the thermic equator, mainly between those from the block forest of Cameroon and Gabon [RST = 0.313 > RSTp = 0.115, P < 0.001]. Two discretes genetics units from the Gabon block forest which separate individuals of the West coastal forests from the lowland forest ones (in the inland) have also been detected and showed a moderate genetic differentiation [FST = 0.068, P < 0.001]. The genetic differentiation between these three units could be explained by a geographical isolation during past climatic disturbances in the African rainforest, occurred in the Pleistocene and Holocene, and which will be still maintained up to date by a reproductive isolation caused by flowering asynchrony periods among individuals. The occurrence of these three genetic units suggests a biogeographical repartition of B. toxisperma in the Congo basin that is mainly due to the past and current climate. Our conclusions may lead to implement conservation strategies and sustainable management programm for biodiversity in Central Africa

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Ewedje, Eben-Ezer. "Biologie de la reproduction, phylogéographie et diversité de l'arbre à beurre Pentadesma butyracea Sabine, Clusiaceae: implications pour sa conservation au Bénin." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2012. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209647.

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Pentadesma butyracea Sabine est l’une des quatre espèces du genre Pentadesma endémique de l’Afrique. Elle est distribuée de la Sierra Léone au Gabon dans deux grands types d’habitats :les forêts denses humides discontinues du domaine guinéo-congolais (Haute- et Basse-Guinée) et le domaine soudanien du couloir sec du Dahomey (assimilé à une barrière à l’échange de gènes et d’espèces entre les deux blocs guinéo-congolais). Dans ce dernier, l’espèce se retrouve dans des galeries forestières et occupe une place capitale dans le développement socio-économique des communautés locales en raison des multiples biens et services que procurent ses produits (alimentation, médecine et pharmacopée traditionnelle, etc.). Cependant, des pressions d’origines multiples, telles que le ramassage des graines pour fabriquer du beurre, la fragmentation de l’habitat et sa destruction en faveur du maraîchage, les pratiques culturales inadaptées, les incendies, font peser de lourdes menaces sur l’espèce.

Le but de ce travail est d’acquérir les connaissances requises pour la conservation et la gestion durable des ressources génétiques de l’espèce. Trois objectifs ont été définis :(i) étudier la phylogéographie de l’espèce, (ii) étudier sa variabilité morphologique et génétique au Bénin et (iii) caractériser sa biologie de reproduction. En amont de ces travaux, nous avons développé onze marqueurs microsatellites nucléaires chez P. butyracea (chapitre 2). Ils ont été utilisés pour l’étude de la phylogéographie et la diversité génétique de P. butyracea (chapitres 3 et 5), ainsi que pour étudier la dépression de consanguinité et les paramètres de son système de reproduction (chapitre 7).

La caractérisation de la répartition spatiale des lignées génétiques de régions intergéniques de l’ADN chloroplastique et de l’ADN ribosomal (ITS) a détecté deux lignées génétiques allopatriques entre le Haut et le Bas-Guinéen, indiquant une forte différenciation génétique et un signal phylogéographique. L’analyse des microsatellites détecte trois pools géniques correspondant aux trois régions étudiées (Haute Guinée, Dahomey Gap et Basse Guinée). La diversité génétique est faible dans le Dahomey Gap, modérée dans le Haut-Guinéen et élevée dans le Bas-Guinéen. Ces résultats indiquent une séparation très ancienne des populations d’Afrique centrale et d’Afrique de l’ouest, alors que celles du Dahomey Gap pourraient résulter des forêts denses humides de l’Afrique de l’ouest lors de la période Holocène humide africaine. Dans ce couloir sec, les populations ont subi une forte dérive génétique, potentiellement due à des évènements de fondation. Au Bénin, deux groupes éco-morphologiques ont été détectés suivant un gradient nord-sud, contrastant avec deux pools géniques présentant une distribution est-ouest.

P. butyracea est une espèce auto-compatible majoritairement allogame. La corrélation de paternité est plus élevée aux niveaux intra-fruit vs. inter-fruits, et au sein d’une population de petite taille vs. de grande taille. Les principaux pollinisateurs au Bénin sont deux oiseaux (Cyanomitra verticalis, Cinnyris coccinigastrus) et trois abeilles (Apis mellifera, Meliponula togoensis, Hypotrigona sp.). La productivité totale en fruits augmente en fonction de l’âge de l’arbre et varie en fonction de l’année, atteignant un pic pour les arbres ayant un diamètre de 60-80 cm. Les graines sont récalcitrantes et ont une teneur en eau de 42.5 ± 2.9 %.

L’analyse des paramètres de reproduction et de diversité génétique, associés aux facteurs écogéographiques, nous a permis de proposer un échantillon de neuf populations représentatives de la diversité à l’échelle du Bénin, dans la perspective d’une conservation in situ. Le succès de celle-ci dépendra des efforts conjugués des communautés locales, de la recherche forestière et de la définition d’un cadre législatif par le politique pour la protection des habitats. La conservation ex situ est envisagée sous forme d’un verger rassemblant diverses origines, présentant l’intérêt supplémentaire de permettre d’étudier les contributions de la diversité génétique et de la plasticité phénotypique à la variation phénotypique. / Pentadesma butyracea Sabine is one of the four species of the endemic genus Pentadesma in Africa. The species is distributed from Sierra Leone to Gabon in two major types of habitats: the discontinuous and dense Guineo-Congolian rainforests (Upper and Lower Guinea) and the Sudanian domain of the dry corridor of Dahomey (considered as a barrier to the exchange of genes and species between Upper and Lower Guinea). In the latter, the species is found in gallery forests and plays a vital role in the socio-economic livelihood of local communities due to the various resources and services that provide its products (food, medicine and traditional, etc.). However, pressure from many sources including the collection of seeds to make butter, habitat fragmentation and its destruction for market gardening, inadequate agricultural practices, fires, are serious threats to the species.

The aim of this work was to acquire appropriate knowledge for the conservation and sustainable management of genetic resources of the species. Three objectives were defined (i) study the phylogeography of the species; (ii) evaluate its morphological and genetic variability in Benin; and (iii) characterize its reproductive biology. In a preliminary work, eleven nuclear microsatellite markers of P. butyracea were developed (Chapter 2). They were used for the study of phylogeography and genetic diversity of P. butyracea (chapters 3 and 5), and to study the inbreeding depression and parameters of its breeding system (Chapter 7).

The characterization of the genetic lineages and their spatial distribution using intergenic regions from chloroplast DNA and ribosomal DNA (ITS) region detected two allopatric genetic lineages between Upper and Lower Guinea, indicating a high genetic differentiation and a phylogeographic signal. Microsatellite markers allowed us to detect three genepools matching with the three studied regions (Upper Guinea, Dahomey-Gap and Lower Guinea). Genetic diversity was low in the Dahomey Gap, moderate in Upper Guinea and high in Lower Guinea. These results indicate an ancient separation of populations from Central and West Africa, while those from Dahomey Gap could originate West African rainforests (Upper Guinea) during the African humid Holocene period. In this dry corridor, populations experienced high genetic drift, possibly due to founding events. In Benin, two eco-morphological groups were detected following a north-south gradient, contrasting with two gene pools presenting an east-west distribution.

Pentadesma butyracea is a self-compatible, mainly allogamous species. The correlation of paternity was higher within-fruit vs. among-fruits, and in population of small size vs. large size. The main pollinators in Benin are two birds (Cyanomitra verticalis, Cinnyris coccinigastrus) and three bees (Apis mellifera, Meliponula togoensis, Hypotrigona sp.). Total productivity in fruit increases with tree age and varies yearly, reaching a peak for trees of 60-80 cm of diameter class. Seeds are recalcitrant (i.e. they cannot be conserved at low temperature), having a water content of 42.5 ± 2.9% at maturity.

The analysis of reproduction and genetics parameters, associated with eco-geographic factors, enabled us to select nine populations representative of the diversity in Benin, from the perspective of in situ conservation. The success of the latter will depend on combined efforts of local communities, forest research and an adequate legislative framework for the protection of habitats. Ex situ conservation is envisaged as an orchard assembling various origins, and would have the additional advantage of allowing to study the contribution of genetic diversity and phenotypic plasticity to phenotypic variation.
Doctorat en Sciences
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Kempf, Florent. "Structure génétique et évolution de la spécialisation chez deux ectoparasites hématophages, les tiques Ixodes uriae et I. Ricinus, vecteurs de la borréliose de Lyme." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20186.

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De nombreuses études ont été consacrées à expliquer la diversité du vivant. Chez les parasites, la spécialisation pour différents types d'hôtes peut être un processus clé dans l'émergence et le maintien de cette diversité. Les traits d'histoire de vie du parasite et de ses hôtes conditionnent la structuration de la variation génétique dans le temps et l'espace, et de là, la possibilité des divergences liées à l'hôte. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés à l'évolution de la spécialisation dans deux systèmes hôtes/parasites impliquant des vecteurs de la borréliose de Lyme: les tiques Ixodes uriae, qui exploite les oiseaux marins coloniaux des régions polaires, et Ixodes ricinus, que l'on rencontre sur un large spectre d'hôtes terrestres en Europe. Ces deux congénériques ont en commun de nombreux traits, mais diffèrent notablement dans les types d'hôtes qu'ils exploitent et leur stratégie de rencontre. D'après les éléments de la biologie de base de ces espèces, nous avons formulé plusieurs hypothèses sur la répartition de l'information génétique de ces parasites en populations naturelles, et plus particulièrement entre leurs hôtes à l'échelle locale. De larges échantillonnages ont été réalisés, et les tiques ont été caractérisées à l'aide marqueurs microsatellites et mitochondriaux. Ces données ont été analysées à l'aide de différents outils statistiques fréquemment utilisés en phylogéographie et en génétique des populations, incluant des méthodes récemment développées. Dans leur ensemble, les résultats ont permis d'établir un scénario d'évolution récente et récurrente de la spécialisation chez I. Uriae, qui varie en fonction des traits des hôtes et leurs interaction locale avec la tique. Nos résultats suggèrent également l'existence chez I. Ricinus de races spécialisées sur différents types d'hôtes (oiseaux, petit mammifères, etc. ), et de mécanisme d'appariement assorti des partenaires sexuels au sein de ces races. Cette étude souligne l'importance des traits des parasites dans leur diversification (dispersion, stratégie de rencontre des hôtes et d'appariement). En particulier, la formation des races d'hôtes dans les populations de tiques va fortement affecter la circulation des pathogènes qu'ils transportent, et remet ainsi en cause nos connaissances actuelles sur l'épidémiologie des maladies à tiques comme la borréliose de Lyme
Many studies have been devoted to understanding the origin of life's vast diversity. In parasitic organisms, host specialization may be a key process in the emergence and maintenance of this diversity. Host and parasite life history traits can shape the spatial and temporal patterns of genetic variation, and thus, the possibility of host-associated divergence. In this thesis, we examine the evolution of host specialization in two host/parasite systems involving tick vectors of Lyme borreliosis: Ixodes uriae, a tick that exploits colonial seabirds in polar regions and, Ixodes ricinus, a tick with a large spectrum of terrestrial hosts in Europe. These congeneric species share many traits, but differ noticeably by the characteristics of the hosts they exploit and the strategies they use to encounter these hosts. Based on the basic biology of these ticks, we have formulated several hypotheses concerning the distribution of their genetic variation in natural populations and particularly among their local hosts. Ticks were sampled across a large spatial scale and were characterized using microsatellite and mitochondrial markers. We analyzed this data using different statistical tools frequently employed in phylogeography and population genetics, including some recently developed methods. Taken as a whole, our results support a scenario of recent and recurrent evolution of host races in I. Uriae, where the local outcome of the interaction varies in space and among host species. Our results also suggest the existence of races specialized on different host types within I. Ricinus populations (birds, rodents, lizards, etc), and a potential mechanism for assortative mating in these races. Overall, the work presented in this thesis highlights the importance of parasitic traits for the diversification process (dispersal, host encounter strategies, mate pair formation). More specifically, the frequent evolution of specific host races within tick populations will have importance consequences for the circulation of the pathogens they carry and, as such, calls into question our current understanding of the epidemiology of tick-borne diseases such as Lyme borreliosis

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Coudray, Clotilde. "Histoire génétique et évolution des populations berbérophones nord-africaines." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30185.

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Ce travail décrit la diversité génétique de communautés berbères nord-africaines actuelles selon trois polymorphismes : les allotypes des immunoglobulines (système Gm), certains microsatellites autosomaux et l’ADN mitochondrial. Des données originales sont présentées pour des populations du Maroc et d’Egypte. Notre étude s’appuie sur des données biologiques, archéologiques, historiques, géographiques et linguistiques dans le but de retracer les origines et l'histoire génétique des berbérophones. Pour l’ensemble des marqueurs, nos résultats montrent une proximité génétique entre les Berbères et les populations du sud-ouest de l’Europe mais une différenciation entre les groupes nord-africains et sub-sahariens. L’analyse de la population de Siouah (Egypte) révèle une nette distinction entre ces Berbérophones et les Berbères du Maghreb. Enfin, nous constatons qu’au nord-ouest de l’Afrique, il n’apparaît pas de différenciation génétique entre les Berbérophones et les Arabophones
This research describes the genetic diversity of current North-African Berber communities according to three polymorphisms: the immunoglobulin allotypes (Gm system), some autosomic microsatellites and the mitochondrial DNA. Original data are presented for populations from Morocco and Egypt. Our multi-field study is based on biological, archaeological, historical, geographical and linguistic data in order to retrace the origins and the genetic history of Berber-speakers. For all markers, our results show that the Berbers are genetically closed to European populations but that they are differentiated from sub-Saharan groups. By the analysis of Siwan Berbers (from Egypt), a clear distinction is revealed between them and Berbers from the Maghreb. Then, we note that in North-West Africa, there isn’t a genetic differentiation between Berber- and Arabic-speakers

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"Évaluation de la diversité génétique chez deux collections de soja à l'aide de marqueurs microsatellites." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25896/25896.pdf.

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Lamarre, Philippe. "Variations dans la réponse de la diversité génétique de populations de couleuvres insulaires faisant face à la perte d’habitat." Thèse, 2015. http://hdl.handle.net/1866/12493.

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Projet de recherche réalisé avec Bernard Angers comme directeur de maîtrise, Denis Réale en tant que co-directeur et grâce à la collaboration active d'Emmanuel Milot.
La région métropolitaine de Montréal est formée de nombreuses îles à la jonction du fleuve Saint-Laurent et de la rivière des Outaouais, isolant ainsi les populations insulaires en fonction de distances respectives ainsi que des courants. Ce système offre un contexte idéal pour évaluer l’effet de la perte d’habitat liée à la pression d'urbanisation dans un paysage métropolitain insulaire ou en situation d’archipel. La présente étude a pour objectif de comparer l’effet de la perte d’habitat sur la diversité génétique de deux serpents très distincts, Storeria dekayi et Thamnophis sirtalis. Des analyses réalisées à l’aide de marqueurs microsatellites révèlent une plus importante structure génétique entre les populations de S. dekayi (FST=0,19) qu’entre celles de T. sirtalis (FST=0,07) dans la région montréalaise. Chez les deux espèces étudiées, la majorité des populations des habitats réduits présente une richesse allélique moyenne comparable à celle observée dans les habitats plus vastes. Néanmoins, certaines populations présentent des réponses différentes, dont des traces de goulots d’étranglement, une perte de richesse allélique ou encore une importante modification des fréquences alléliques. Au niveau régional, les résultats présentent une importante perte de diversité génétique chez les couleuvres se trouvant sur le continent alors que les populations insulaires de la région montréalaise constituent désormais un réservoir de diversité génétique. Les résultats observés auprès des populations insulaires démontrent que les effets de la perte d’habitat peuvent s’avérer très spécifiques à chaque situation et que la détection de traces génétiques d’un tel phénomène peut nécessiter un contexte logistique très particulier. Un nombre croissant de publications reportent une absence de signature génétique suite à la perte d’habitat chez des oiseaux et des mammifères. Il s’agit de la première étude témoignant de ce phénomène chez les reptiles. Une note est fournie en annexe à l’intention des gestionnaires au sujet de la conservation de la couleuvre brune, S. dekayi.
The Montreal metropolitan community includes numerous islands located at the confluence of the Saint-Lawrence and Ottawa Rivers. In such a fragmented landscape, dispersal of animals is limited by the distance between islands as well as the currents. This system offers an ideal context for the study of the effects of habitat loss on the genetic diversity of animal populations located on islands or archipelagos. This study seeks to assess the effects of habitat area by comparing the organization of genetic diversity of two highly distinct snake species, Storeria dekayi and Thamnophis sirtalis. Analysis realized with microsatellite markers reveals a much stronger genetic organisation in S. dekayi (FST=0.19) than in T. sirtalis (FST=0.07) in the Montreal area. For both studied species, most populations found in reduced habitats showed similar genetic diversity to what was observed in larger habitats. Nevertheless, some populations showed different responses to the loss of habitat, including traces of genetic bottlenecks, a loss in mean allelic richness or an important alteration of their allelic frequencies. This study also reveals an important loss of genetic diversity in the continental snake populations. At the regional scale, the results reveal an important loss of genetic diversity in the continental snake populations and that the insular populations of the Montreal area now constitute a reservoir of the remnant genetic diversity. Moreover, this study not only demonstrates that the genetic response to habitat loss can be very case-specific, but also that to detect traces of such a phenomenon can require a very particular framework. A growing number of publications based on birds and mammals have reported the absence of a genetic signature following a habitat loss. This is the first study to report this phenomenon in reptiles. A note intended for managers is provided about the conservation of the Dekay’s brown snake, S. dekayi.

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