Статті в журналах: "Marqueur microsatellite"

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CRIBIU, E. P., L. SCHIBLER, and D. VAIMAN. "Cartographie fine de la région du gène PIS de la chèvre." INRAE Productions Animales 13, HS (June 22, 2020): 141–44. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3826.

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Анотація:

Chez les Mammifères, la différenciation sexuelle résulte d’une cascade complexe dont le premier acteur est le gène SRY, porté par le chromosome Y, qui masculinise la gonade indifférenciée. Cependant, certains individus, en l’absence de SRY, présentent un développement testiculaire et une réversion du sexe. Chez la chèvre, par exemple, la réversion du sexe d’individus XX en l’absence du gène SRY ou d’autres séquences du chromosome Y est étroitement liée à l’absence de corne (mutation motte) puisqu’aucun recombinant n’a jamais été observé. Ce syndrome, nommé PIS pour Polled Intersex Syndrome, est causé par des mutations dans un ou deux gènes autosomiques que nous avons localisés dans un premier temps à proximité de deux marqueurs microsatellites d’origine bovine sur le chromosome 1 caprin. Les cartes génétique, cytogénétique et physique de la région ont ensuite été construites à l’aide, d’une part, de banques d’ADN issues de chromosome 1 trié, des bandes 1q42, 1q43 et 1q44 microdisséquées et de grands fragments (BAC) et, d’autre part, de la cartographie comparée avec les gènes ou EST (expressed sequence tags) localisés dans la région humaine homologue. Ces différentes approches ont permis de localiser le gène PIS au sein d’un contig de 1,5 Mb, dans une région de 100 kb autour d’un marqueur microsatellite.

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MARTIN, P., та C. LEROUX. "Le gène caprin spécifiant la caséine αs1 : un suspect tout désigné aux effets aussi multiples qu’inattendus". INRAE Productions Animales 13, HS (22 грудня 2000): 125–32. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3823.

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Анотація:

Dans l’espèce caprine, il existe au locus αs1-caséine, un polymorphisme complexe alliant variabilité quantitative et qualitative. Les caractéristiques physico-chimiques des laits caprins et leurs aptitudes technologiques sont gouvernées par ce polymorphisme. Ses fondements moléculaires ont été exploités pour mettre en place un protocole de génotypage des animaux. Si ce caractère est, d’ores et déjà, pris en compte dans les schémas de sélection caprine, ces travaux multidisciplinaires ont ouvert de nombreuses voies de recherche. En effet, outre le modèle de co-évolution d’un marqueur microsatellite et d’un gène à effet majeur, le gène αs1-cas fournit un modèle pertinent d’étude des mécanismes d’épissage et leur implication dans la diversité structurale inter-spécifique. De plus, le polymorphisme génétique de la caséine αs1 constitue un moyen d’investigation incomparable pour étudier la structure micellaire dans le lait ainsi qu’un moyen de décrypter son édification au cours du transport intracellulaire des caséines qui est particulièrement perturbé chez les individus porteurs d’allèles défectifs au locus αs1-Cas. Le polymorphisme αs1-Cas caprin n’a donc pas encore dévoilé tous ses effets.

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SANCRISTOBAL-GAUD, M., G. RENAND, Y. AMIGUES, M. Y. BOSCHER, H. LEVEZIEL, and B. BIBE. "Traçabilité individuelle des viandes bovines à l’aide de marqueurs génétiques." INRAE Productions Animales 13, no. 4 (August 18, 2000): 269–76. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.4.3786.

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Анотація:

En réponse à la crise de confiance des consommateurs et leur régulière désaffection pour la viande bovine, et dans le cadre des efforts développés actuellement pour améliorer et sécuriser la traçabilité des bovins, nous avions pour objectif de proposer et de valider une méthode d’identification individuelle des viandes bovines à l’aide de marqueurs moléculaires de type microsatellite. Plusieurs prélèvements ont été effectués sur des jeunes bovins de domaines expérimentaux INRA, in vivo et post mortem. La détermination des génotypes aux 11 loci, puis la comparaison deux à deux de ces génotypes à l’aide d’une méthode statistique adéquate prenant en compte les particularités des microsatellites permet de recommander d’une part que le typage soit réalisé sur au moins huit marqueurs pour assurer une traçabilité parfaite, et d’autre part que des précautions indispensables soient prises concernant la qualité des prélèvements et la gestion des échantillons lors d’une mise en œuvre à grande échelle.

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Pépin, L., Emmanuel Camus, Gérard Matheron, and Albert Bensaïd. "Utilisation de microsatellites comme marqueurs génomiques pour l’étude de la résistance à la cowdriose." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 46, no. 1-2 (January 1, 1993): 209. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9364.

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Анотація:

Les chèvres Créole de Guadeloupe sont considérées comme appartenant à une même race. Néanmoins, selon leur origine géographique, elles peuvent être résistantes ou sensibles à la cowdriose. Une étude antérieure a montré que la résistance est probablement sous contrôle génétique. Le but de l’étude actuelle est de fournir les outils de base pour trouver des marqueurs génomiques de chèvre ayant une corrélation avec la résistance à la cowdriose. Aﬁn d’accomplir cette tâche il faut détecter des régions très polymorphiques distribuées de façon égale sur le génome pour servir de repères. Ainsi, des portions du génome impliquées dans la détermination d’un caractère donné peuvent être suivies dans des populations. De tels repères existent, ce sont les microsatellites; ils ont déjà été utilisés avec succès pour cartographier certains traits de la souris et de l’espèce humaine. Des séquences microsatellites sont composées de répétitions de di- ou tri-nucléotides, le polymorphisme étant basé sur le fait que le nombre de répétitions peut varier entre individus. Si elles sont ﬂanquées par des séquences non-répétitives, elles peuvent être détectées facilement parla technique de réaction en chaîne de polymérase (RCP). Des amorces délimitant cinq microsatellites, caractérisés auparavant dans le génome bovin, ont été appliquées avec succès au génome caprin. De l’ADN de 70 chèvres, dont 30 chèvres Créole, 10 Sahélienne, 10 Guinéenne, 10 de race Saanen et 10 de race Alpine, a été préparé et soumis à la RCP. Du polymorphisme a été détecté dans les cinq satellites et 3, 4, 8, 14 et 15 allèles ont été démontrés respectivement pour chaque microsatellite. D’autres microsatellites ont été trouvés utiles et seront soumis à des tests plus approfondis. En même temps, des familles de chèvres Créole sont constituées par croisements d’animaux résistants et sensibles. La technologie décrite ici sera appliquée à l’ADN de chèvres de la génération F1 pour déterminer si la ségrégation d’une région polymorphe donnée est liée au caractère de la résistance à la cowdriose.

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VIGNAL, A. "Etat de la carte de la poule." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 113–14. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3820.

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La carte génétique de la poule est développée depuis plusieurs années à l’aide de deux familles de référence de type rétro-croisement. Plus récemment, une troisième famille a été utilisée pour affiner la carte. La structure actuelle est d’environ 1800 locus répartis en 50 groupes de liaison couvrant 3800 cM, dont 785 repérés par des marqueurs de type microsatellite. La carte contient 350 marqueurs dans des séquences exprimées, dont 235 représentent des gènes identifiés, permettant de mettre en évidence des synténies conservées avec les génomes de mammifères. La particularité du génome de la poule, composé de macrochromosomes et de microchromosomes, complique la nécessaire intégration avec la carte cytogénétique.

6

Abbes, S., H. Sellami, I. Hadrich, I. Amouri, N. Mahfoudh, S. Neji, F. Makni, H. Makni, and A. Ayadi. "Génotypage de C. glabrata par de nouveaux marqueurs microsatellites." Journal de Mycologie Médicale 22, no. 1 (March 2012): 119. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2011.12.061.

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ROUZAUD, F., J. MARTIN, F. GALLET, D. DELOURME, J. M. PETIT, H. LEVÉZIEL, R. JULIEN, and A. OULMOUDEN. "Utilisation de marqueurs génétiques pour la traçabilité. Intérêt des gènes de la coloration de la robe chez le bovin." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 243–45. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3846.

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Анотація:

Les marqueurs génétiques, qu’ils soient anonymes (microsatellites) ou responsables de phénotypes (gènes de la coloration, par exemple), constituent des outils efficaces pour identifier les individus ou les populations (races) et pour assurer leur traçabilité. On montre ici l’intérêt du gène extension pour le génotypage des bovins.

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BOICHARD, D., P. LE ROY, H. LEVÉZIEL, and J. M. ELSEN. "Utilisation des marqueurs moléculaires en génétique animale." INRAE Productions Animales 11, no. 1 (February 2, 1998): 67–80. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1998.11.1.3918.

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Анотація:

Grâce aux progrès récents de la biologie moléculaire, en particulier la découverte des séquences microsatellites et la technique d’amplification des séquences d’ADN par PCR, de nombreux marqueurs génétiques sont maintenant disponibles et organisés en cartes génétiques dans la plupart des espèces d’élevage. Cet article présente d’abord les principales propriétés des marqueurs génétiques, en particulier le polymorphisme et la liaison, qui permettent d’identifier et de suivre des segments chromosomiques entre générations. Il décrit ensuite les principales applications possibles des marqueurs dans la gestion des populations et l’analyse de leur variabilité génétique, et il met l’accent sur l’application la plus développée à l’heure actuelle, la détection des principales régions chromosomiques (ou QTL) impliquées dans le déterminisme des caractères d’intérêt économique, préliminaire indispensable à leur utilisation par sélection assistée par marqueurs ou introgression. Enfin, cet article présente succinctement les méthodes, en particulier celles basées sur la cartographie comparée, pour passer des marqueurs aux gènes responsables de la variabilité génétique des caractères d’intérêt, ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués et à une utilisation plus facile et plus généralisable des résultats.

9

Moazami Goudarzi, Katayoun, Désiré M. A. Belemsaga, G. Ceriotti, D. Laloë, F. Fagbohoum, N. T. Kouagou, Issa Sidibé, et al. "Caractérisation de la race bovine Somba à l’aide de marqueurs moléculaires." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 54, no. 2 (February 1, 2001): 129. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9791.

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Анотація:

Le polymorphisme de quatre catégories de marqueurs du génome — 11 systèmes de groupes sanguins, 5 locus des protéines du lait, 2 locus de protéines sanguines et 33 microsatellites, soit au total 51 locus — a été analysé dans quatre populations ou « races » bovines d’Afrique de l’Ouest : les races taurines Somba et Lagunaire, la population de zébus Peuls soudanais et la population Borgou, qui provient du métissage entre taurins et zébus, en vue de caractériser le polymorphisme de la race Somba et d’évaluer sa distance génétique avec les trois autres populations, notamment la race Lagunaire avec laquelle elle présente une forte ressemblance phénotypique. Quelles qu’aient été les catégories de marqueurs ou les méthodes utilisées, les quatre populations se sont séparées nettement les unes des autres. Au niveau des groupes sanguins, les différences les plus nettes ont été observées entre les taurins et les zébus, notamment dans les systèmes A, B et S. On a retrouvé par ailleurs chez les zébus la forte fréquence des allèles AlbS et HbB, ainsi que la prédominance bien connue de l’haplotype αs1-CnC, β-CnA2, κ-CnA qui contraste avec celle de l’haplotype αs1- CnB, β-CnA1, κ-CnB chez les taurins africains. Au niveau des microsatellites, l’analyse factorielle des correspondances a souligné le rôle discriminant de l’allèle ETH 225139, dont la fréquence a été très élevée chez la race Somba, et celui des allèles Hel 13182 et INRA 037114 qui ont paru spécifiques respectivement des zébus et de la race Lagunaire. Les fréquences de ces allèles dans la population Borgou ont été sensiblement intermédiaires entre celles des zébus et celles des taurins. Dans le cadre d’une démarche visant à établir dans quelle mesure la connaissance du génotype d’un animal aux 33 marqueurs microsatellites permettait d’identifier sa population d’origine, une proportion de 97 p. 100 d’animaux bien classés a été obtenue, les erreurs de classement s’étant limitées à des zébus incorrectement qualifiés de Borgou et vice versa.

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MILAN, D., M. YERLE, A. ROBIC, Y. LAHBIB-MANSAIS, J. RIQUET, N. IANNUCCELLI, and J. GELLIN. "Etat des lieux de la cartographie du génome du porc." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 109–11. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3819.

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Les cartes porcines sont maintenant bien développées : près de 1200 microsatellites sont cartographiés sur les familles de référence et 2000 nouveaux sont en cours de développement ; environ 400 gènes ou EST (expressed sequence tags) et 400 marqueurs génétiques sont positionnés sur les cartes cytogénétiques ; les cartes d’irradiation sont en plein essor ; près de 1000 marqueurs et gènes sont ordonnés avec une résolution 10 à 20 fois supérieure à la carte génétique. L’estimation de la taille physique du génome du porc est de 2700 Mb organisées en 38 (2x18 + XY) chromosomes, les cartes génétiques couvrent 2300 cM, et les cartes d’irradiation de 30 à 40000 cR7000. La réalisation d’un contig de BAC global du génome et l’établissement d’un catalogue des gènes sont les deux prochains développements importants de la génomique porcine.

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AMIGUES, Y., J. C. MÉRIAUX, and M. Y. BOSCHER. "Utilisation de marqueurs génétiques en sélection : les activités de LABOGENA." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 203–10. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3839.

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Le diagnostic génétique appliqué à la sélection animale n’est pas récent, mais des progrès fantastiques ont été réalisés ces dernières années grâce à l’émergence des techniques de biologie moléculaire. L’évolution du nombre d’analyses réalisées par LABOGENA, 45 000 en 1988 pour plus de 100 000 en 1998, est bien la preuve de cet essor. Si deux tiers des activités demeurent traditionnelles, 30 % sont réalisées grâce aux marqueurs de l’ADN et la tendance va encore s’accentuer. La biologie moléculaire permet de réaliser des progrès et d’augmenter les possibilités de diagnostic : les supports biologiques utilisables sont nombreux (sang, poil, peau, viande, embryon, sperme …) ; l’émergence de nouveaux marqueurs polymorphes comme les marqueurs microsatellites de l’ADN permet l’identification et le contrôle de filiations pour de nouvelles espèces (Porc, Chien, Turbot …) ; les diagnostics peuvent être réalisés très précocement par l’analyse directe des variations des gènes impliqués (exemple de la qualité fromagère du lait déterminée sur les futurs reproducteurs mâles) ; les pathologies d’origine génétique peuvent être recherchées par les mutations causales (hyperthermie maligne, tremblante …). Ces informations sur les génotypes aident les sélectionneurs à définir leurs stratégies et permettent d’assurer une bonne gestion des reproducteurs et des populations animales.

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Gits-Muselli, M., J. Menotti, N. Guigue, S. Hamane, S. Bretagne, and A. Alanio. "Nouvelle méthode de typage moléculaire de Pneumocystis jirovecii par analyse de marqueurs microsatellites." Journal de Mycologie Médicale 24, no. 3 (September 2014): e117. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.06.019.

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Solano, Philippe, Gérard Cuny, Gérard Duvallet, Dominique Cuisance, Sophie Ravel, Issa Sidibé, and Saydil Touré. "Les techniques de génétique moléculaire au service de l'épidémiologie des trypanosomoses. Intérêt de l'étude du polymorphisme des microsatellites des glossines." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 50, no. 4 (April 1, 1997): 297–301. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9560.

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Анотація:

L'introduction des techniques moléculaires a apporté de nouvelles connaissances sur l'épidémiologie des trypanosomoses. Dans le domaine du diagnostic, la technique d'amplification en chaîne par polymérase (ou polymerase chain reaction) apporte une sensibilité supérieure à celle des techniques classiques, et permet aussi de différencier des trypanosomes morphologiquement identiques ayant des importances économiques très différentes. Chez les vecteurs cycliques, les glossines, on soupçonne l'existence de populations plus dangereuses que d'autres au sein d'une même espèce ; les auteurs décrivent et proposent d'appliquer la technique du polymorphisme des marqueurs microsatellites à l'évaluation des conséquences de la variabilité intraspécifique des mouches tsé-tsé sur l'épidémiologie de la trypanosomose.

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BIDANEL, J. P., and D. MILAN. "La recherche de QTL àl’aide de marqueurs : résultats chez le porc." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 223–28. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3842.

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Le programme de détection de QTL dans une population F2 issue du croisement entre les races porcines Meishan (MS) et Large White (LW) réalisé à l’INRA est présenté. Des mesures de croissance, de composition corporelle, de qualité de la viande, de développement sexuel mâle et femelle, de prolificité et de réactivité comportementale et neuroendocrinienne ont été effectuées sur 530 mâles et 573 femelles F2, nés de 6 verrats et 17 truies F1, eux-mêmes issus de 6 verrats LW et 6 truies MS. Le génotype de l’ensemble des animaux a été déterminé à l’aide de séquenceurs automatiques pour un total de 115 marqueurs microsatellites couvrant l’ensemble du génome porcin. Les données ont été analysées par chromosome (analyse multipoint) à l’aide d’une procédure du maximum de vraisemblance prenant en compte la structure familiale des données. Des QTL ont été mis en évidence ou suggérés sur l’ensemble des chromosomes, à l’exception des chromosomes 16 et 18.

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Souvenir Zafindrajaona, P., Voumparet Zeuh, Katayoun Moazami Goudarzi, D. Laloë, Daniel Bourzat, A. Idriss, and F. Grosclaude. "Etude du statut phylogénétique du bovin Kouri du lac Tchad à l'aide de marqueurs moléculaires." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 52, no. 2 (February 1, 1999): 155–62. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9690.

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Le polymorphisme de 25 systèmes de marqueurs génétiques autosomaux(11 systèmes de groupes sanguins, 5 locus de lactoprotéines et 9 microsatellites) a été analysé dans un échantillon de la population de bovins Kouri du lac Tchad provenant de la zone en bordure du lac et d'iles localisées dans la préfecture de Bol. Les résultats obtenus, ainsi que les données déjà acquises sur différentes populations de taurins et de zébus africains et sur les races françaises, ont été traités par analyse factorielle des correspondances et par des méthodes de classification pour tenter de préciser le statut phylogénétique du Kouri. Selon cette étude, basée sur des marqueurs autosomaux, le Kouri se rapproche plus des zébus que des taurins africains alors que, dépourvu de bosse et possédant le chromosome Y submétacentrique de Bos taurus, il est classé normalement parmi les taurins. Il reste à évaluer la validité de diverses hypothèses explicatives, d'ailleurs non exclusives, différant par l'ancienneté postulée de l'apport de gènes de zébus : parenté du Kouri avec le Sanga du Sud de l'Afrique, introgression du zébu lors de son expansion sur le continent à partir du VIIIe siècle après J.-C., ou métissages, à l'époque moderne, avec les zébus entourant le bassin du lac Tchad.

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Collin-Chavagnac, Delphine, Françoise Descotes, Stéphane Billon, Marjorie Adams, Myriam Decaussin, Éric Piaton, Claire Rodriguez-Lafrasse, and Alain Ruffion. "Marqueurs microsatellites et méthylation de promoteurs de gènes suppresseurs de tumeur dans les cancers de la vessie." Annales de Pathologie 30, no. 5 (November 2010): 119–20. http://dx.doi.org/10.1016/j.annpat.2010.07.022.

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BIDANEL, J. P., D. BOICHARD, and C. CHEVALET. "De la génétique à la génomique." INRAE Productions Animales 21, no. 1 (April 20, 2008): 15–32. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2008.21.1.3372.

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Cet article retrace les principales étapes et la contribution de l’INRA au développement de la génomique, qui révolutionne depuis deux décennies les connaissances sur la structure et le fonctionnement du génome des animaux d’élevage. L’élaboration, dans les années 90, des premières cartes de marqueurs microsatellites a rapidement permis de mettre en évidence de nombreux locus à effets quantitatifs et de localiser les premiers gènes majeurs. En parallèle, les travaux de cytogénétique et de génomique comparative permettaient de tirer parti de l’avancée des connaissances sur le génome de l’homme et de la souris. A la fin des années 90, la construction d’outils de cartographie à haute densité, cartes d’hybrides d’irradiation et banques de grands fragments, a permis l’essor des travaux de cartographie fine et l’identification des premières mutations causales. Le début des années 2000 a été marqué par le développement des outils d’étude systématique de l’expression des gènes, micro-réseaux et puces à ADN, le démarrage du séquençage des premiers génomes d’animaux d’élevage, et l’essor des bases de données génomiques et de la bioinformatique. La connaissance des séquences permet ensuite de détecter in silico leurs variations, en particulier les très nombreuses variations ponctuelles (SNP) et de caractériser finement la structure des génomes des populations animales. La génomique a également renouvelé les méthodes d’amélioration génétique des populations, avec la mise en place de programmes de sélection assistée par marqueurs, de caractérisation et de gestion de la variabilité génétique et le développement d’applications en matière de contrôle de généalogie ou de traçabilité.

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VIGNAL, A., C. DIOT, C. MOLETTE, M. MORISSON, T. FARAUT, M. RAO, F. PITEL, V. FILLON, and C. MARIE-ETANCELIN. "Génomique des canards." INRAE Productions Animales 26, no. 5 (December 19, 2013): 391–402. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2013.26.5.3168.

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La démocratisation des outils de la génomique et plus particulièrement du séquençage à haut débit a permis le séquençage du génome du canard commun. Des projets complémentaires sont déjà initiés pour prolonger et exploiter au mieux ces premiers acquis. En tout premier lieu, il s’agit de poursuivre la description de la structure du génome et d’en exploiter les connaissances : cartes d’hybrides irradiés pour ordonner la séquence le long des chromosomes ; génomique comparée avec le génome de la poule pour bénéficier des connaissances sur ce génome modèle ; recherche de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour les études et la gestion de populations ; carte génétique pour la détection des QTL (Quantitative Trait Locus). La première détection de QTL influençant les performances du mulard, réalisée à l’aide de marqueurs microsatellites chez la cane commune, sera complétée par une seconde étude utilisant des marqueurs SNP développés spécifiquement et permettant une bien meilleure couverture du génome. Par ailleurs, il est important de réaliser une annotation fonctionnelle du génome, ce qui peut être abordé par le séquençage de transcrits. A terme, le génome annoté sera utilisé pour analyser son expression dans différents tissus et/ou conditions d’élevage, la connaissance des modèles de transcrits et de protéines facilitant les études en transcriptomique et protéomique. Le canard mulard, produit du croisement de la cane commune avec le canard de Barbarie, devra également être étudié en raison de son intérêt agronomique, lié à ses performances exceptionnelles dans la filière des palmipèdes gras.

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Moussa, Mahaman Maaouia Abdou, Moustapha Grema, Stéphane A. R. Tapsoba, Moumouni Issa, Amadou Traore, Marichatou Hamani, Rudolph Pichler, et al. "Analyse de la diversité génétique de la race bovine Bororo (Wodaabé) du Niger à l’aide de marqueurs microsatellites." International Journal of Biological and Chemical Sciences 13, no. 2 (August 29, 2019): 1109. http://dx.doi.org/10.4314/ijbcs.v13i2.42.

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Charfi, A., N. Mahfoudh, L. Gaddour, F. Hakim, F. Frikha, Z. Bahloul, A. Kammoun, and H. Makni. "Polymorphisme des marqueurs microsatellites de la région HLA chez des patients atteints de syndrome de Sjögren primitif dans la population Sud tunisienne." La Revue de Médecine Interne 36 (June 2015): A118. http://dx.doi.org/10.1016/j.revmed.2015.03.105.

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Kassankogno, Abalo Itolou, Ibrahima Ouedraogo, Henri Adreit, Joël Milazzo, Leonard S. Ouedraogo, Philippe Sankara, and Didier Tharreau. "Analyse de la diversité génétique des isolats de Magnaporthe oryzae du Burkina Faso et du Togo par les marqueurs microsatellites (SSRs)." International Journal of Biological and Chemical Sciences 10, no. 5 (March 28, 2017): 2259. http://dx.doi.org/10.4314/ijbcs.v10i5.25.

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Gnagra Wognin, Marie-Thérèse, Didier Paulin Sokouri, Cyrille N’gouan Kouassi, Guiguigbaza K Dayo, Yté Wongbé, and Yapi-Gnaoré Chia Valentine. "Diversité génétique de six populations de Heterobranchus longifilis de Côte d’Ivoire." Journal of Animal & Plant Sciences 44, no. 2 (May 31, 2020): 7621–33. http://dx.doi.org/10.35759/janmplsci.v44-2.2.

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La structuration génétique de Heterobranchus longifilis de côte d’ivoire a été étudiée à travers six populations. L’objectif de cette étude est d’identifier une ou des souches d’élevage de Heterobranchus. longifilis en Côte d’Ivoire, en vue de leur valorisation et vulgarisation. Ainsi, 116 échantillons provenant de 4 bassins versants (Agneby, Bandama, Cavally et Sassandra), ont été génotypes à l’aide de 6 marqueurs microsatellites isolés de Clarias gariepinus (Cga01, Cga03, Cga05, Cga06, Cga09 et Cga10). Une grande variabilité génétique intra population a été observée chez les différentes populations de Heterobranchus longifilis étudiées avec une diversité génétique élevée (HS=0,454) et un nombre moyen d’allèles observés de 8 ± 5,90. Sous l’hypothèse de Hardy-Weinberg, toutes les populations de Heterobranchus longifilis ont montré un déficit significatif à la panmixie, à l’exception de celle du Cavally. Les valeurs de FST (0,037 ; 0,078 ; 0,095 et 0,096) ont montré une différenciation génétique modérée entre les populations de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally. Cependant, une forte différentiation génétique a été révélée entre les populations du Sassandra (nord et sud) et celles des autres (Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally). Les valeurs des FST se situent entre 0,16 et 0,27. Les regroupements des populations réalisés à partir de la matrice des distances génétiques de Cavalli-Sforza & Edwards ont révélé une faible structuration génétique. Cependant, ces résultats indiquent l’existence de deux groupes bien distincts ; l’un composé de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally et l’autre de Sassandra Nord et Sud.

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GELLIN, J., and H. LEVÉZIEL. "Stratégie d’établissement des cartes géniques des espèces d’élevage." INRAE Productions Animales 5, HS (December 2, 1992): 281–86. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4305.

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Au sein des différents pays impliqués dans les programmes de la CEE (BRIDGE et BIOTECH), la structure de recherche française est sans doute à l’heure actuelle, par le nombre de chercheurs, par l’ensemble des secteurs méthodologiques couverts, et par l’ensemble des soutiens dont elle dispose au niveau du Département de Génétique Animale, le regroupement le plus important travaillant sur la cartographie génique des porcs et des bovins. L’activité essentielle de cartographie chez les porcins et les bovins sera de définir, le long du génome, un certain nombre "d’étiquettes" (des microsatellites) permettant d’établir un premier réseau de marques génétiques espacées de 20 cM dont certains seront localisés précisement sur les chromosomes. Cette connaissance recueillie sur le génome sera intégrée aux analyses quantitatives actuelles grâce la mise en oeuvre de nouveaux concepts d’analyse génétique (programme INRA : PRODIGE-MMM). Elle permettra une évolution précoce des génotypes, une amélioration des méthodes d’identification des animaux et de vérification des filiations, la mise en évidence de régions du génome intervenant dans la variabilité de caractères quantitatifs (QTL), une appréciation de la diversité génétique des races. Les connaissances obtenues seront également utiles à la compréhension de certains aspects du génome humain, notamment le séquençage de eDNAs et la recherche de QTL difficile à étudier directement chez l’homme.

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Yao, Saraka Didier Martial, Eric-Blanchard Zadjéhi Koffi, Wentia Alimata Marie-Pierre Daramcoum, Koffi Yoboue, Jean-Louis Konan Konan, Nafan Diarrassouba, Roland Bourdeix, and Raoul Sylvère Sie. "Apport des descripteurs qualitatifs dans l’identification des accessions de cocotier Grand pour les programmes de régénération des collections au champ." International Journal of Biological and Chemical Sciences 14, no. 2 (October 5, 2020): 580–99. http://dx.doi.org/10.4314/ijbcs.v14i2.22.

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Les descripteurs qualitatifs ont été toujours négligés dans les études de caractérisation du cocotier surtout chez les écotypes de type Grand. Cet article se propose de mettre en évidence la contribution de six caractères morphologiques de type qualitatif dans la description et la typologie de 18 populations de cocotier Grand plantées dans la collection internationale de Côte d’Ivoire. Pour y arriver les stipes, les inflorescences, les fleurs femelles et les fruits ont été observés. Compte tenu à la fois de leurs fortes valeurs d’indice de diversité de Shannon normalisé (H’ variant entre 0,93 et 0,99) et faibles valeurs d’indice de diversité de Simpson (D variant entre 0,24 et 0,28), les caractères formes du fruit et de la noix débourrée ont été les plus discriminants. Les résultats de la classification des populations de cocotier Grand de la collection de Côte d’Ivoire utilisant les caractères qualitatifs sont en désaccord avec la structuration admise et fournie antérieurement à partir des marqueurs morphologiques quantitatifs et moléculaires microsatellites (SSRs). Bien que longtemps marginalisé dans l’étude de la diversité génétique des écotypes Grand de cocotier, l’apport des caractères qualitatifs dans l’identification de ces accessions de la collection de Côte d’Ivoire est discuté. Aussi, l’intérêt du recours aux descripteurs qualitatifs comme alternative aux marqueurs moléculaires pour le suivi de la pureté des accessions de cocotier au champ pendant les cycles de régénération est souligné.© 2020 International Formulae Group. All rights reserved. English abstract Qualitative morphological descriptors have always been neglected in coconut population’s characterization, especially in Tall coconut varieties. This paper proposes the contribution of six qualitative traits in the description and typology of 18 Tall coconut populations planted at the international field genebank of Côte d'Ivoire. Relatively to high values of standardized index of Shannon Weaver diversity H' (0.93 to 0.99) and low values of Simpson diversity index D (0.24 to 0.28), the two qualitative traits that are fruit and husked nut shapes were more discriminating. The results about clustering of the Tall coconut populations in Côte d'Ivoire genebank using all studied qualitative characters were in disagreement with the clustering assumed and provided before from quantitative traits and SSRs molecular markers. Although a long time marginalized in the genetic diversity studies, the contribution of the qualitative traits in the identification of Tall coconut populations in international field genebank of Côte d’Ivoire has been discussed. Also, the interest of recourse of the qualitative descriptors as alternative to the molecular markers for purity follow-up of the coconut accession during the cycles of field genebank regeneration is clearly underlined.

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Roland, Anzara Guy, Angui Chia Michelle Valérie, Doubi Tra Serge, Akaffou Doffou Selastique, and Zoro Bi Irié Arséne. "Déterminisme génétique de la tolérance de Lagenaria siceraria (Molina) Standley (Cucurbitaceae) aux insectes ravageurs et recherche de marqueurs microsatellites SSR associés aux gènes." European Scientific Journal ESJ 17, no. 10 (March 31, 2021). http://dx.doi.org/10.19044/esj.2021.v17n10p233.

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La gourde oléagineuse, Lagenaria siceraria (Molina) Standley, se caractérise par un haut potentiel nutritionnel et une forte valeur marchande dont l’intensification de la production pourrait profiter aux agriculteurs, en particulier, les femmes rurales qui en sont les principales productrices. Malgré l’importance socio-économique de la gourde oléagineuse, la production est caractérisée par de faibles rendements, dus essentiellement aux dégâts occasionnés par les insectes ravageurs. La présente étude vise à connaitre le déterminisme génétique de la tolérance de Lagenaria siceraria aux insectes ravageurs et à identifier les marqueurs moléculaires proches des QTLs contrôlant cette tolérance. Cette identification serait une étape importante pour accélérer le processus de la tolérance de L. siceraria aux insectes ravageurs. Des marqueurs moléculaires de type SSR ont été évalués sur 100 individus de la population F2 (issue de l’autofécondation de la F1 provenant du croisement entre les accessions parentales NI431 et NI227). Un seul QTL dénommé qTDco a été identifié et le marqueur C1.2.23 a été associé à ce QTL. Ce marqueur, utilisé, dans un programme de sélection assistée par marqueur, serait un atout considérable dans le processus de la recherche de la tolérance de L. siceraria aux insectes ravageurs.

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Ben Ayed, Rayda. "Pertinence des marqueurs microsatellites (SSR) et apport de la bioinformatique en vue de la valorisation de l’huile d’olive." Science et technologie des aliments 4, no. 1 (2021). http://dx.doi.org/10.21494/iste.op.2021.0678.

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Sévigny, Jean-Marie, Alexandra Valentin, André Talbot, and Nadia Ménard. "Connectivité entre les populations du fjord du Saguenay et celles du golfe du Saint-Laurent." 22, no. 2 (June 15, 2009): 315–39. http://dx.doi.org/10.7202/037487ar.

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Résumé L’analyse des marqueurs microsatellites et d’allozymes chez différentes espèces de poissons de fond (morue, flétan du Groenland et sébaste) et de crustacés (crabe des neiges et crevette nordique) montre que les organismes du Saguenay et du Saint-Laurent appartiennent aux mêmes populations. La seule différenciation génétique est observée au locus Pan I chez la morue. Cette différenciation pourrait toutefois être causée par la sélection, qui agirait dans le fjord du Saguenay, plutôt que par l’isolement génétique de la population. Les données complémentaires disponibles pour les poissons de fond (composition élémentaire des otolithes, morphométrie et faune parasitaire) montrent que les individus capturés dans le Saguenay diffèrent de ceux du Saint-Laurent. Ces différences suggèrent que les individus du Saguenay et du Saint-Laurent passent la majeure partie de leur cycle vital dans des environnements différents. Considérant la très faible survie larvaire observée dans le fjord, cette revue suggère que les populations de poissons de fond du Saguenay constituent des populations puits, dont le recrutement dépend de l’apport de juvéniles depuis le Saint-Laurent. Une fois les individus installés dans le Saguenay, ils y passent la majorité de leur vie. Même si nous ne possédons pas de données complémentaires pour les crustacés, il est possible que le même mécanisme opère chez ces espèces.

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Nanema, RK. "Etude de la relation phylogénétique entre trois morphotypes de Solenostemon rotundifolius (Poir J. K. Morton) originaires du Burkina Faso par les marqueurs microsatellites chloroplastiques (SSRcp)." International Journal of Biological and Chemical Sciences 4, no. 6 (March 31, 2011). http://dx.doi.org/10.4314/ijbcs.v4i6.64939.

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